Keragaman Genetik Bakteri Xanthomonas Oryzae Pv. Oryzae Dari Beberapa Daerah di Indonesia Menggunakan Marka Spesifik
No Thumbnail Available
Date
2018-12-01
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi
Abstract
Abstrak
Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) merupakan bakteri yang sering menyerang daun padi. Di Indonesia, banyak lahan padi yang terserang bakteri ini sehingga menimbulkan penyakit yang bernama hawar daun bakteri (HDB). Penelitian ini bertujuan untuk mengarakterisasi isolat-isolat Xoo dari beberapa wilayah di Indonesia menggunakan marka molekuler. Bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) diisolasi dari daun padi hingga didapatkan kultur murni bakteri Xoo. Untuk memastikan bahwa bakteri tersebut adalah bakteri Xoo maka dilakukan identifikasi menggunakan marka Xoo2976, setelah itu dilakukan isolasi DNA bakteri Xoo dan diamplifikasi menggunakan marka Je1 dan Jel2 pada mesin PCR. Hasil PCR diseparasi dalam elektroforesis menggunakan gel agarosa 2%. Skoring Pola pita DNA dilakukan dengan membuat bilangan biner dan menggunakan program NTSys untuk membentuk dendrogram. Hasil dari penelitian ini menunjukkan identifikasi bakteri Xoo dengan menggunakan marka molekuler sangat efektif dan menyingkat waktu dibanding dengan metode Postulat Koch. Kesamaan genetik bakteri Xoo di Indonesia lebih disebabkan oleh inang yang sama, walaupun berada pada daerah yang berbeda dan dipisahkan oleh laut. Isolat Xoo yang diperoleh di lapangan menunjukkan variasi ras yang tinggi, berbeda dengan ras V, ras Xa7, dan ras VIII.
Abstract
Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) is a bacteria that often infects the leaves of rice. In Indonesia. In Indonesia, many field rice is attacked by these bacteria, causing the disease called bacterial leaf blight (BLB). This study aimed to characterize isolates of Xoo derived from some places in Indonesia using molecular marker. Xoos were isolated from the rice leaves to obtain pure cultures of them. To ensure they were Xoo, those Xoos then be identified using Xoo2976 marker. The pure Xoos were amplified using Jel1 and Jel2 markers in PCR machine, then separated by 2% agarose gel. Scoring pattern of DNA bands was done by creating a binary number and used the NTSYS program to form a dendrogram. This study showed identification of Xoo bacterial using molecular marker highly effective and save time compared with the method of Koch’s postulates. The genetic similarity of Xoo bacterial in Indonesia was caused by the same host, although located in different areas and were separated by the sea. Xoo isolates in the field showed a high variation race, different with race V, race Xa7, and race VIII.
Description
15 p.; ills.; tab.