Browsing by Author "Lestari, Puji"

Now showing 1 - 13 of 13
  • No Thumbnail Available
    Item
    ANALISIS KERAGAMAN GENETIK KEDELAI INTRODUKSI MENGGUNAKAN MARKA MIKROSATELIT
    (Sekretariat Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, ) Nugroho, Kristianto; BB Biogen Jalan Tentara Pelajar 3A Cimanggu Bogor; Terryana, Rerenstradika Tizar; Reflinur, nFN; Asadi, nFN; Lestari, Puji
  • Thumbnail Image
    Item
    Boosting the big data of plant with digital identifiers
    (IAARD Press, 2020-04-05) Sabran, Muhamad; Lestari, Puji; Satyawan, Dani; Hadiarto, Toto; Mastur; Balitbangtan
  • Thumbnail Image
    Item
    Jejak Implementasi Perjanjian Internasional SDGTPP di Indonesia
    (IAARD Press, 2022) Djufry, Fadjry; Mastur; Syahbuddin, Haris; Lestari, Puji; Hidayatun, Nurul; Adriani, Erlita; Nugrahani, Nuning
    Komitmen Indonesia dalam mewujudkan ketahanan pangan global ditunjukkan melalui perannya dalam kancah internasional khususnya keanggotaan Indonesia di Traktat/Perjanjian Internasional Sumber Daya Genetik Tanaman Pangan dan Pertanian (SDGTPP) atau International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture (ITPGRFA), FAO sejak 2006. Indonesia aktif berpartisipasi dalam agenda rutin sesuai elemen Traktat maupun melalui pertemuan tiap dua tahunan Badan Pengatur (Governing Body). Indonesia berusaha mengimplementasikan Traktat Internasional ini berdasarkan hak dan kewajiban sebagai anggota seperti tertera dalam Undang-Undang No. 4 Tahun 2006 tentang Pengesahan Perjanjian Internasional SDGTPP, sehingga memerlukan dukungan semua pihak tidak hanya dari institusi pemerintah, namun juga LSM, perguruan tinggi dan semua elemen masyarakat yang aktivitasnya melibatkan SDGTPP. Buku ini bertujuan untuk membantu memberi pemahaman apa sebenarnya Perjanjian atau Traktat Internasional SDGTPP, dan mensosialisasikan aktivitas dan jejak Indonesia sebagai negara anggota yang terikat pada perjanjian.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Karakterisasi Molekuler Materi Genetik Padi Lokal (Oryza Sativa L.) Asal NTB dan Yogyakarta Menggunakan Penanda Mikrosatelit
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, 2018-12-01) Nugroho, Kristianto; Mastur; Lestari, Puji
    Abstrak Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan karakterisasi molekuler materi genetik padi lokal asal NTB dan Yogyakarta menggunakan penanda mikro satelit. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus hingga September 2017 di Laboratorium Biologi Molekuler BB Biogen. Sebanyak 18 varietas padi di amplifikasi menggunakan sepuluh pasang marka mikro satelit yang berasal dari beberapa referensi. Pita amplikon selanjutnya diskor sebagai data biner dan dianalisis menggunakan perangkat lunak NTSYS dan Power Markers. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 52 alel berhasil dideteksi pada 18 varietas padi pada penelitian ini. Rata-rata jumlah alel yang dihasilkan sebesar 5,2 dengan rentang 2-9 alel per lokus. Frekuensi alel utama yang diperoleh pada p18 p.; enelitian ini berkisar dari 22% (RM144) hingga 67% (RM259) dengan rata-rata sebesar 42%. Nilai PIC (Polymorphism Information Content) berkisar dari 0,33 (RM105) hingga 0,85 (RM248) dengan rata-rata sebesar 0,65. Analisis kekerabatan menunjukkan bahwa 18 varietas padi pada penelitian ini memisah menjadi dua klaster utama pada koefisien kesamaan genetik 0,62. Sebagian besar varietas padi lokal mengelompok pada klaster kedua bersama varietas unggul baru, sementara varietas lokal asal NTB dan Yogyakarta masing-masing berada pada klaster yang terpisah. Selain itu varietas lokal asal Yogyakarta memiliki jarak genetik yang lebih dekat dengan varietas unggul baru dibanding varietas asal NTB. Informasi mengenai hubungan kekerabatan yang diperoleh pada penelitian ini sangat penting dalam mendukung pelestarian plasma nutfah padi lokal serta dapat dimanfaatkan dalam menentukan varietas potensial yang dapat dikembangkan ke depannya dalam mendukung program percepatan pemuliaan tanaman padi di Indonesia. Abstract The aim of this study was to do a molecular characterization of local rice germplasms from NTB (West Nusa Tenggara) and Yogyakarta by using microsatellite profile. The research was conducted in ICABIOGRAD Molecular Biology Laboratory from August to September 2017. There were 18 rice varieties that were amplified by using 10 microsatellite markers based on references. The amplicon band was scored as binary data and were analyzed using NTSYS and Power Marker. The results showed that as many as 52 alleles were detected in this study. The average number of alleles was 5.2 with a range of 2-9 alleles per locus. The main allele frequency ranged from 22% (RM144) to 67% (RM259) with an average of 42%. The value of PIC ranged from 0.33 (RM105) to 0.85 (RM248) with an average of 0.65. The genetic relationship showed that 18 local varieties were separated into two clusters in the similarity coefficient of 0.62. Most of local varieties were grouped in the second cluster including all new improved varieties, in contrast to the first cluster which consisted of few varieties. Importantly, all local varieties from NTB and Yogyakarta were distinctive in the two generated clusters. The local rice from Yogyakarta was closer to the new improved varieties than those from NTB. The information of genetic relationship and diversity is important to support the preservation according to their geographical origin and to determine potential crossing parents to accelerate rice breeding program in Indonesia.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Keragaman Genetik Plasma Nutfah Padi Lokal Asal Kalimantan Berdasarkan Marka SSR
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, 2018-12-01) Terryana, Rerenstradika Tizar; Priyatno, Tri Puji; Lestari, Puji
    Abstrak Plasma nutfah padi lokal dengan keragaman genetik yang luas sangat diperlukan untuk perakitan varietas unggul baru dan pelestarian sumberdaya genetik padi lokal. Kalimantan merupakan salah satu wilayah asal plasma nutfah padi lokal dalam jumlah besar, yang berperan penting sebagai sumber genetik yang berpotensi untuk pengembangan tanaman padi di Indonesia. Pemahaman yang lebih baik mengenai keragaman genetik padi lokal Kalimantan sangat penting untuk keberhasilan program pemuliaan tanaman dan pengembangan padi varietas unggul baru. Marka SSR (Simple Sequence Repeat) telah lama digunakan dalam pendugaan keragaman genetik antar aksesi padi. Tujuan dari penelitian ini ialah untuk menganalisis keragaman genetik 16 plasma nutfah padi lokal asal Kalimantan dan 4 varietas unggul menggunakan marka SSR. Sepuluh marka SSR digunakan untuk melihat pola pita amplifikasi DNA hasil PCR dan data yang terkumpul dianalisis dengan menggunakan perangkat lunak NTSYS, Power Marker serta analisis koordinat utama (PCoA). Hasil penelitian menunjukkan terdapat variasi alel yang cukup tinggi (3-10 alel) yang terobservasi diantara aksesi padi yang diuji, dengan rerata jumlah alel 6, dan rerata nilai polymorphism information content (PIC) sebesar 0.70 (0.36-0.86). Sebanyak 9 marka SSR memiliki nilai PIC>0.5 yang mengindikasikan kemampuan marka tersebut dalam membedakan dan mendiskriminasi antar aksesi padi dalam studi keragaman genetik padi. Hasil analisis filogenetik dan analisis koordinat utama menunjukkan bahwa 20 aksesi padi tersebut mengelompok menjadi tiga kelompok utama pada tingkat kemiripan 70.5%. Berdasarkan analisis filogenetik, marka SSR yang digunakan mampu mendiskriminasi padi lokal Kalimantan dengan padi varietas unggul. Analisis keragaman genetik pada penelitian ini akan sangat bermanfaat sebagai langkah awal dalam kegiatan seleksi tetua persilangan guna membantu program pemuliaan padi dan sangat untuk pelestarian keragaman sumberdaya genetik padi lokal di Indonesia. Abstract Local rice germplasm with broad genetic diversity is needed to develop a new superior variety of rice and preservation. Kalimantan is one of origins of large number of indigenous rice accessions, which may serve as valuable plant for future crop improvement in Indonesia. A better understanding of genetic diversity of local rice germplasm from Kalimantan is very important for crops breeding programs and new superior varieties improvement. Simple Sequence Repeat (SSR) markers have longly been used to estimate genetic diversity among rice accessions. This study aimed to analyze the genetic diversity of 16 local rice accessions from Kalimantan and 4 improved varieties by using SSR markers. Ten SSR markers were used for PCR amplification, and the collected data was analyzed using NTSYS, Power Marker and principal coordinate analyses (PCoA). The result showed that high allele variation (3-10 alleles) was observed among rice accessions tested, with an average allele number of six, the average of Polymorphism Information Content (PIC) value was 0.70 (0.36-0.86). Nine of SSR markers showed PIC value >0,5 indicated their suitable differentiation and discrimination for rice diversity studies. The phylogenetic and principal coordinate analysis showed that twenty accessions of rice were divided into three groups with a cut-off of 70.5% similarity. Based on phylogenetic, SSR markers could discriminate between local accessions of rice from Kalimantan and improved varieties. Genetic diversity analysis in this study will be useful as an initial basis of selection for appropriate parents to assist breeding program of rice and is useful to preserve their genetic variability in Indonesia.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Pengaruh Rentang Suhu Destilasi Fraksinasi terhadap Kadar Patchouli Alcohol (PA) pada Minyak Nilam
    (AgriHumanis: Journal of Agriculture and Human Resource Development Studies, 2020-04-04) Lestari, Puji; Nurjanah, Sarifah; Mardawati, Efri; Balai Pelatihan Pertanian Jambi
    Minyak nilam adalah salah satu produk minyak atsiri yang menjadi komoditi ekspor andalan Indonesia. Kadar patchouli alcohol (PA) merupakan salah satu indikator yang menentukan kualitas minyak nilam. Minyak nilam merupakan hasil penyulingan daun tanaman nilam (Pogestemon cablin Benth). Salah satu cara untuk meningkatkan mutu minyak nilam adalah dengan mengisolasi patchouli alcohol yang terkandung didalamnya dengan menggunakan metode distilasi fraksinasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh rentang suhu distilasi fraksinasi terhadap kadar patchouli alcohol (PA). Metode penelitian yang digunakan adalah metode eksperimen dengan analisis deskriptif. Penelitian ini dilakukan dengan rentang suhu distilasi fraksinasi dibagi menjadi 3 cut yaitu cut 1 (230-283 ℃), cut 2 (283-290 ℃) dan cut 3 (290-300 ℃). Proses distilasi menggunakan mesin B/R Instrument Spinning Band Distillation System Model 36-100 yang terintegrasi dengan komputer. Pengamatan yang dilakukan adalah kadar patchouli alcohol (PA) pada masing-masing rentang suhu distilasi fraksinasi. Pengukuran kadar patchouli alcohol (PA) menggunakan GC-MS. Hasil uji GC-MS menunjukkan bahwa terjadi peningkatan antara minyak awal dan setelah minyak dilakukan proses distilasi fraksinasi. Minyak nilam awal memiliki kadar patchouli alcohol sebesar 25,16%. Hasil menunjukkan bahwa fraksi yang memiliki kadar patchouli alcohol yang tertinggi pada cut 3 yaitu 90,38%.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Pengaruh Rentang Suhu Distilasi Fraksinasi Terhadap Kadar Patchouli Alcohol (PA) Pada Minyak Nilam
    (Balai Pelatihan Pertanian Jambi, ) Lestari, Puji; Nurjanah, Sarifah; Mardawati, Efri
  • No Thumbnail Available
    Item
    Pengembangan Marka Molekuler Berdasarkan Variasi Nukleotida Di 6 Phosphofructokinase-2 Dan Glucose-6-Phosphatase-Phosphate Translocator Pada Padi Japonica
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, 2018-12-01) T. Terryana, Rerenstradika; Nugroho, Kristianto; Lestari, Puji
    Abstrak 6-phosphofructokinase-2 (PFK2) merupakan protein yang terlibat dalam jalur fosforilasi dalam biosintesispati dan diduga berkontribusi terhadap sifat fisiko-kimia yang menentukan mutu rasa beras.Glucose-6-phosphatase/phosphate translocator (GPT) diduga terlibat dalam tahap perkecambahan, perkembangan polen dan kantong embrio, serta pemasakan biji pada tanaman padi.Studi lebih lanjut sangat dibutuhkan terhadap gen-gen pada posisi QTL terkait mutu rasa terutamaPFK2 dan GPT pada padi japonica.Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis variasi genetik varietas padi japonica berdasarkan gen PFK2 dan GPT, serta memverifikasi marka molekuler hasil pengembangannya. Sebanyak 22 varietas padi japonica diamplifikasi menggunakan primer STS pada sekuen parsial PFK2 dan GPT, kemudiansekuennya disejajarkan dengan kultivar rujukan dan dikembangkan marka molekulernya berdasarkan varian terpilih. Sejumlah SNP diidentifikasi pada PFK2 dan GPT. SNP G/A di 158 bp pada PFK2 dan 602 bp pada GPT menunjukkan variasi genetik pada varietas padi japonica dan didesain primernya yaitu PFruc1/EcoRI dan G6P1/Alw26 masing-masing untuk PFK2 dan GPT. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa tanpa mempertimbangkan asal varietas, 3 klaster utama dibentuk yang terdiri dari 2 (klaster I), 5 (klaster II) dan 15 varietas (klaster III).Varietas pada klaster III dicirikan dengan alel A baik pada PFK2 maupun GPT. Hasil analisis filogenetik juga membuktikan bahwa alel spesifik yang hanya ditemukan pada varietas tertentu berpengaruh terhadap jarak genetik yang berimplikasi pada kedekatan antara varietas padi japonica. Secara umum variasi genetik dan marka molekuler yang dikembangkan untuk gen PFK2 dan GPT akan bermanfaat sebagai informasi dasar program pemuliaan padi tidak hanya japonica namun juga subspesies lainnya dan penting untuk evaluasi plasma nutfah padi. Abstract 6-phosphofructokinase-2 (PFK2), a protein involved in the phosphorylation pathway of starch biosynthesis and allegedly contributes to physicochemical properties, determining eating quality of rice. Glucose-6-phosphatase/phosphate translocator (GPT) is allegedly involved in seedling phase, pollen and embryo sac development and ripening of rice seed. Further study of these genes within the QTLs related to eating quality, particularly, PFK2 and GPT on japonica rice is needed. This study aimed at analyzing the genetic variation of japonica rice varieties based on PFK2 and GPT, and verifying the molecular markers developed. A total of 22 japonica varieties was amplified using STS primers for partial sequences ofPFK2 and GPT, aligned their resulting sequences with the reference cultivar and developed molecular markers for selected variants. A number of SNPs were identified on PFK2 and GPT. SNP G/A at 158 bp on PFK2and 602 bp on GPT showed variation among japonica rice varieties, consequently we developed the corresponding markers namelyPFruc1/EcoRI and G6P1/Alw26, respectively. Phylogenetic analysis showed that regardless of the variety origin, three main clusters were generated and consisted of two (cluster I), five (clusterII) and fifteen varieties (cluster III). Varieties on cluster III were characterized by allele A both in PFK2 and GPT.Furthermore, the phylogenetic tree proved that specific alleles only found in certain varieties influenced the different genetic distance that implied for the relatedness among japonica rice varieties. Taken together, genetic variation and molecular markers developed for PFK2 and GPT genes will be useful as basic information for not only japonica rice breeding but also other subspecies and is important for evaluation of rice germplasm.
  • Thumbnail Image
    Item
    Petunjuk Teknis Perbibitan Ayam Kampung Unggul Balitbangtan (KUB) Terstandar
    (Pertanian Press, 2023) Prasetianti, Dwinta; Hidayah, Restu; Astuti, Fitri Dwi; Faizin, Nur; Lestari, Puji; Purmiyanto, Jon; Musawati, Ismi; Iswanto; Surahman, Arif; Subiharta; Hayati, Rini Nur
    Ayam KUB-1 merupakan salah satu galur ternak yang telah dilakukan pelepasannya melalui Keputusan Menteri Pertanian. Ayam Kampung Unggul Balitbangtan merupakan salah satu galur ayam hasil pemuliaan ayam kampung yang berasal dari Provinsi Jawa Barat. Sifat mengeram ayam KUB telah dikurangi, sehingga ayam melompati masa mengeram setelah bertelur dan dapat siap memproduksi telur kembali.
  • Thumbnail Image
    Item
    Petunjuk Teknis Perbibitan Ayam Kampung Unggul Balitbangtan (KUB) Terstandar
    (Pertanian Press, 2024) Prasetianti, Dwinta; Hidayah, Restu; Astuti, Fitri Dwi; Faizin, Nur; Lestari, Puji; Purmiyanto, Jon; Musawati, Ismi; Iswanto; Surahman, Arif; Subiharta; Hayati, Rini Nur
    Buku ini menjelaskan mengenai pengertian dari standardisasi. Standardisasi itu sendiri adalah proses merencanakan, merumuskan, menetapkan, menerapkan, memberlakukan, memelihara, dan mengawasi standar yang dilaksanakan secara tertib dan bekerja sama dengan semua pemangku kepentingan. Buku petunjuk teknis Ayam KUB ini memuat tentang SNI Bibit Ayam KUB-1 umur sehari/KURI/ SNI 8305-1:2017; Ayam KUB 1 dan Ayam KUB 2; Perkandangan; Pakan; Sistem Pemeliharaan; Vaksinasi dan Kesehatan; Penetasan.
  • Thumbnail Image
    Item
    Strategies and Technologies for the Utilization and Improvement of Rice
    (IAARD Press, 2020-12-01) Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian; Lestari, Puji; Mulya, Karden; Utami, Dwinita Wikan; Satyawan, Dani; Supriadi; Mastur; Balitbangtan
  • No Thumbnail Available
    Item
    Variasi Nukleotida Pada Gen Trehalose 6 Phosphate Phosphatase Pada Varietas Padi Japonica
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB Padi)/BBSIP Padi, 2015-08-06) Manzila, Ifa; Lestari, Puji; Priyatno, Tri Puji
    Trehalose 6 phosphate phosphatase (T6PP) merupakan salah satu gen yang berperan dalam melindungi tanaman dari cekaman abiotik dan biotik. Sampai saat ini T6PP belum banyak diteliti level genetiknya pada plasma nutfah padi. Studi ini bertujuan untuk mengidentifikasi variasi nukleotida pada sikuen parsial gen T6PP dan hubungan kekerabatan antara varietas padi japonica berdasarkan gen tersebut. Dua primer didisain untuk mengamplifikasi T6PP terutama pada posisi 5865949- 25866935 bp dan 25868041-25868967 bp dan dideteksi variasinya pada 12 varietas padi japonica yang sebagian besar berasal dari Korea Selatan menggunakan TA cloning yang dibandingkan dengan sikuen kultivar rujukan, Nipponbare. Analisis filogenetik juga dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik 12 varietas padi tersebut. Hasilnya menunjukkan bahwa sebagian besar mutasi terjadi di intron (daerah non-koding). Sejumlah insersi dan delesi sedikitnya satu basa ditemukan sepanjang sikuen parsial T6PP. Perubahan basa seperti transversi didominasi T/G dan A/G, sementara transisi sebagian besar adalah T/C, C/T dan A/G. Pola polimorfisme ditemukan pada posisi yang sama pada beberapa varietas yang menunjukkan kedekatan genetik di antara mereka. Pohon filogeni menghasilkan tiga klaster utama yaitu kultivar padi japonica rujukan (Nipponbare), varietas premium Jepang (Koshihikari), dan seluruh varietas japonica asal Korea Selatan dalam satu grup. Beberapa varietas mempunyai kedekatan dibandingkan lainnya, seperti pada Dongjin dan Hwacheong, dan Dobong dan Samnam. Variasi dalam T6PP merupakan sumber penting untuk pengembangan marka molekuler berdasarkan gen T6PP yang dapat diaplikasikan pada padi japonica.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Variasi Nukleotida Pada Padi Japonica Berdasarkan Phosphoserine Phosphatase Dan Osmad20 Untuk Pengembangan Marka Molekuler
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB Padi), 2017) Lestari, Puji; Sustiprijatno; Hidayatun, Nurul; Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB Padi)
    Phosphoserine phosphatase (PSP) merupakan protein yang terlibat dalam pathway fosforilasi dalam biosintesis serin yang mengontrol polen dan sterilitas. OsMADS20 diduga terlibat dalam pembungaan, pemasakan biji dan aspek perkembangan/ pertumbuhan tanaman padi. Studi lebih lanjut diperlukan terhadap gen-gen pada posisi QTL untuk mutu rasa dan pembungaan terutama PSP dan OsMADS pada padi japonica. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis variasi genetik varietas padi japonica berdasarkan PSP dan family gen OsMADS20 box, dan verifikasi marka molekuler hasil pengembangannya. Total 22 varietas padi japonica diamplifikasi menggunakan primer STS pada sekuen parsial PSP dan OsMADS20, sekuennya disejajarkan dengan kultivar rujukan dan dikembangkan marka molekulernya berdasarkan varian terpilih. Sejumlah SNP dan indel diidentifikasi lebih banyak pada OsMADS20 daripada PSP. SNP G/A di 110 bp pada PSP dan indel 7 bp (AAATTTT) pada OsMADS20 menunjukkan variasi pada varietas padi japonica dan didesain primernya yaitu CAPS-PP2/MseI dan indel-MAD masing-masing untuk PSP dan OsMADAS20. Analisis filogeni menunjukkan bahwa tanpa mempertimbangkan negara asal, 2 klaster utama dibentuk yang terdiri dari 17 (klaster I) dan 5 varietas (klaster II). Varietas pada klaster II dicirikan dengan alel “A” pada situs 110 bp di PSP. Hasil filogenetik ini juga membuktikan bahwa alel spesifik yang hanya ditemukan pada varietas tertentu berpengaruh terhadap jarak genetik yang berimplikasi pada kedekatan antara varietas padi japonica. Secara umum variasi genetik dan marka molekuler yang dikembangkan untuk gen PSP dan OsMADS20 akan bermanfaat sebagai informasi dasar program pemuliaan padi tidak hanya japonica namun juga subspesies lainnya dan penting untuk evaluasi plasma nutfah padi.