Keragaman Genetik Plasma Nutfah Padi Lokal Asal Kalimantan Berdasarkan Marka SSR
No Thumbnail Available
Date
2018-12-01
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi
Abstract
Abstrak
Plasma nutfah padi lokal dengan keragaman genetik yang luas sangat diperlukan untuk perakitan varietas unggul baru dan pelestarian sumberdaya genetik padi lokal. Kalimantan merupakan salah satu wilayah asal plasma nutfah padi lokal dalam jumlah besar, yang berperan penting sebagai sumber genetik yang berpotensi untuk pengembangan tanaman padi di Indonesia. Pemahaman yang lebih baik mengenai keragaman genetik padi lokal Kalimantan sangat penting untuk keberhasilan program pemuliaan tanaman dan pengembangan padi varietas unggul baru. Marka SSR (Simple Sequence Repeat) telah lama digunakan dalam pendugaan keragaman genetik antar aksesi padi. Tujuan dari penelitian ini ialah untuk menganalisis keragaman genetik 16 plasma nutfah padi lokal asal Kalimantan dan 4 varietas unggul menggunakan marka SSR. Sepuluh marka SSR digunakan untuk melihat pola pita amplifikasi DNA hasil PCR dan data yang terkumpul dianalisis dengan menggunakan perangkat lunak NTSYS, Power Marker serta analisis koordinat utama (PCoA). Hasil penelitian menunjukkan terdapat variasi alel yang cukup tinggi (3-10 alel) yang terobservasi diantara aksesi padi yang diuji, dengan rerata jumlah alel 6, dan rerata nilai polymorphism information content (PIC) sebesar 0.70 (0.36-0.86). Sebanyak 9 marka SSR memiliki nilai PIC>0.5 yang mengindikasikan kemampuan marka tersebut dalam membedakan dan mendiskriminasi antar aksesi padi dalam studi keragaman genetik padi. Hasil analisis filogenetik dan analisis koordinat utama menunjukkan bahwa 20 aksesi padi tersebut mengelompok menjadi tiga kelompok utama pada tingkat kemiripan 70.5%. Berdasarkan analisis filogenetik, marka SSR yang digunakan mampu mendiskriminasi padi lokal Kalimantan dengan padi varietas unggul. Analisis keragaman genetik pada penelitian ini akan sangat bermanfaat sebagai langkah awal dalam kegiatan seleksi tetua persilangan guna membantu program pemuliaan padi dan sangat untuk pelestarian keragaman sumberdaya genetik padi lokal di Indonesia.
Abstract
Local rice germplasm with broad genetic diversity is needed to develop a new superior variety of rice and preservation. Kalimantan is one of origins of large number of indigenous rice accessions, which may serve as valuable plant for future crop improvement in Indonesia. A better understanding of genetic diversity of local rice germplasm from Kalimantan is very important for crops breeding programs and new superior varieties improvement. Simple Sequence Repeat (SSR) markers have longly been used to estimate genetic diversity among rice accessions. This study aimed to analyze the genetic diversity of 16 local rice accessions from Kalimantan and 4 improved varieties by using SSR markers. Ten SSR markers were used for PCR amplification, and the collected data was analyzed using NTSYS, Power Marker and principal coordinate analyses (PCoA). The result showed that high allele variation (3-10 alleles) was observed among rice accessions tested, with an average allele number of six, the average of Polymorphism Information Content (PIC) value was 0.70 (0.36-0.86). Nine of SSR markers showed PIC value >0,5 indicated their suitable differentiation and discrimination for rice diversity studies. The phylogenetic and principal coordinate analysis showed that twenty accessions of rice were divided into three groups with a cut-off of 70.5% similarity. Based on phylogenetic, SSR markers could discriminate between local accessions of rice from Kalimantan and improved varieties. Genetic diversity analysis in this study will be useful as an initial basis of selection for appropriate parents to assist breeding program of rice and is useful to preserve their genetic variability in Indonesia.
Description
17 p.; ills.; tab.