Karakterisasi Molekuler Materi Genetik Padi Lokal (Oryza Sativa L.) Asal NTB dan Yogyakarta Menggunakan Penanda Mikrosatelit
No Thumbnail Available
Date
2018-12-01
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi
Abstract
Abstrak
Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan karakterisasi molekuler materi genetik padi lokal asal NTB dan Yogyakarta menggunakan penanda mikro satelit. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus hingga September 2017 di Laboratorium Biologi Molekuler BB Biogen. Sebanyak 18 varietas padi di amplifikasi menggunakan sepuluh pasang marka mikro satelit yang berasal dari beberapa referensi. Pita amplikon selanjutnya diskor sebagai data biner dan dianalisis menggunakan perangkat lunak NTSYS dan Power Markers. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 52 alel berhasil dideteksi pada 18 varietas padi pada penelitian ini. Rata-rata jumlah alel yang dihasilkan sebesar 5,2 dengan rentang 2-9 alel per lokus. Frekuensi alel utama yang diperoleh pada p18 p.; enelitian ini berkisar dari 22% (RM144) hingga 67% (RM259) dengan rata-rata sebesar 42%. Nilai PIC (Polymorphism Information Content) berkisar dari 0,33 (RM105) hingga 0,85 (RM248) dengan rata-rata sebesar 0,65. Analisis kekerabatan menunjukkan bahwa 18 varietas padi pada penelitian ini memisah menjadi dua klaster utama pada koefisien kesamaan genetik 0,62. Sebagian besar varietas padi lokal mengelompok pada klaster kedua bersama varietas unggul baru, sementara varietas lokal asal NTB dan Yogyakarta masing-masing berada pada klaster yang terpisah. Selain itu varietas lokal asal Yogyakarta memiliki jarak genetik yang lebih dekat dengan varietas unggul baru dibanding varietas asal NTB. Informasi mengenai hubungan kekerabatan yang diperoleh pada penelitian ini sangat penting dalam mendukung pelestarian plasma nutfah padi lokal serta dapat dimanfaatkan dalam menentukan varietas potensial yang dapat dikembangkan ke depannya dalam mendukung program percepatan pemuliaan tanaman padi di Indonesia.
Abstract
The aim of this study was to do a molecular characterization of local rice germplasms from NTB (West Nusa Tenggara) and Yogyakarta by using microsatellite profile. The research was conducted in ICABIOGRAD Molecular Biology Laboratory from August to September 2017. There were 18 rice varieties that were amplified by using 10 microsatellite markers based on references. The amplicon band was scored as binary data and were analyzed using NTSYS and Power Marker. The results showed that as many as 52 alleles were detected in this study. The average number of alleles was 5.2 with a range of 2-9 alleles per locus. The main allele frequency ranged from 22% (RM144) to 67% (RM259) with an average of 42%. The value of PIC ranged from 0.33 (RM105) to 0.85 (RM248) with an average of 0.65. The genetic relationship showed that 18 local varieties were separated into two clusters in the similarity coefficient of 0.62. Most of local varieties were grouped in the second cluster including all new improved varieties, in contrast to the first cluster which consisted of few varieties. Importantly, all local varieties from NTB and Yogyakarta were distinctive in the two generated clusters. The local rice from Yogyakarta was closer to the new improved varieties than those from NTB. The information of genetic relationship and diversity is important to support the preservation according to their geographical origin and to determine potential crossing parents to accelerate rice breeding program in Indonesia.
Description
18 p.; ills.; tab.