Variasi Nukleotida Pada Gen Trehalose 6 Phosphate Phosphatase Pada Varietas Padi Japonica
No Thumbnail Available
Date
2015-08-06
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB Padi)/BBSIP Padi
Abstract
Trehalose 6 phosphate phosphatase (T6PP) merupakan salah satu gen yang berperan dalam melindungi tanaman dari cekaman abiotik dan biotik. Sampai saat ini T6PP belum banyak diteliti level genetiknya pada plasma nutfah padi. Studi ini bertujuan untuk mengidentifikasi variasi nukleotida pada sikuen parsial gen T6PP dan hubungan kekerabatan antara varietas padi japonica berdasarkan gen tersebut. Dua primer didisain untuk mengamplifikasi T6PP terutama pada posisi 5865949- 25866935 bp dan 25868041-25868967 bp dan dideteksi variasinya pada 12 varietas padi japonica yang sebagian besar berasal dari Korea Selatan menggunakan TA cloning yang dibandingkan dengan sikuen kultivar rujukan, Nipponbare. Analisis filogenetik juga dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik 12 varietas padi tersebut. Hasilnya menunjukkan bahwa sebagian besar mutasi terjadi di intron (daerah non-koding). Sejumlah insersi dan delesi sedikitnya satu basa ditemukan sepanjang sikuen parsial T6PP. Perubahan basa seperti transversi didominasi T/G dan A/G, sementara transisi sebagian besar adalah T/C, C/T dan A/G. Pola polimorfisme ditemukan pada posisi yang sama pada beberapa varietas yang menunjukkan kedekatan genetik di antara mereka. Pohon filogeni menghasilkan tiga klaster utama yaitu kultivar padi japonica rujukan (Nipponbare), varietas premium Jepang (Koshihikari), dan seluruh varietas japonica asal Korea Selatan dalam satu grup. Beberapa varietas mempunyai kedekatan dibandingkan lainnya, seperti pada Dongjin dan Hwacheong, dan Dobong dan Samnam. Variasi dalam T6PP merupakan sumber penting untuk pengembangan marka molekuler berdasarkan gen T6PP yang dapat diaplikasikan pada padi japonica.
Description
10 hlm.; 2 ills.; tabel