Tingkat Polimorfisme Beberapa Marker Ssr (Simple Sequen Repeat) Untuk Identifikasi Sidik Jari DNA Plasma Nutfah Padi
No Thumbnail Available
Date
2015-08-06
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB Padi)/BBSIP Padi
Abstract
Marker SSR (Simple Sequent Repeat) merupakan salah satu marker molekuler yang memiliki keunggulan hasil akurat, marker kodominan, repeatable, dan relatif murah. Teknologi ini telah berkembang, tervalidasi dan praktis diterapkan dalam kegiatan-kegiatan identifikasi plasma nutfah, analisis kekerabatan dan jarak genetik serta seleksi materi pemuliaan. Informasi tingkat polimorfik marker SSR penting diketahui untuk menentukan marker-marker yang efektif digunakan untuk identifikasi sidik jari DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui PIC (polymorphism information content) dari marker-marker SSR terkait sifat tertentu yang diaplikasikan pada beberapa plasma nutfah koleksi BB Padi. Penelitian dilaksanakan pada April – Juni 2015 di Laboratorium DNA, Kelompok Peneliti Pemuliaan dan Plasma Nutfah, Balai Besar Tanaman Padi. Sebanyak 13 marker SSR terkait sifat tertentu diaplikasikan terhadap 35 plasma nutfah yang terdiri dari padi lokal dan padi introduksi. Analisis PIC dilakukan terhadap hasil visualisasi pita DNA dengan menggunakan bantuan software power marker. Penelitian menunjukkan 11 marker SSR bersifat polimorfik dan dua marker bersifat monomorfik. Marker RM8213 memiliki nilai PIC tertinggi (0.676) dibandingkan 12 marker lainnya. Marker RM443 dan RM4608 adalah marker SSR yang tidak dapat menghasilkan pita DNA (nilai PIC 0.00) pada semua sampel DNA plasma nutfah yang diujikan.
Description
7 hlm.; 2 tabel