Reasorsi Genetik Virus Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 yang diisolasi dari Itik pada Program Surveilans Avian Influenza Tahun 2017
No Thumbnail Available
Date
2020
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Direktorat Kesehatan Hewan
Abstract
Virus highly pathogenic avian influenza (HPAI) subtipe H5N1 berdampak serius pada sektor perunggasan di Indonesia sejak tahun 2003. Virus ini memiliki kemampuan berubah secara cepat melalui mekanisme mutasi (mutation) dan persilangan/reasorsi (reassortment) untuk kelangsungan hidup di dalam tubuh hospesnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter dan persilangan genetik virus HPAI subtipe H5N1 yang diisolasi dari itik. Sampel dikoleksi dari hasil uji PCR positif terhadap virus influenza tipe A yang berasal dari program surveilans avian influenza (AI) pada itik di wilayah kerja Balai Besar Veteriner (BBVet) Wates tahun 2017. Sampel-sampel yang terdeteksi positif subtipe H5 dari uji realtime reverse transcription PCR (qRT-PCR), dilanjutkan sequensing keseluruhan genom virus dengan teknik Next Generation Sequencing (NGS). Hasil sequencing di’BLAST’ ke dalam virus referensi yang ada di dalam database GenBank, kemudian disusun dan diekstrak secara whole genome didalam software CLC Genomic Workbench. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan menggunakan software Mega v7 untuk melihat ada tidaknya reasorsi genetik antar segmen virus (AI). Berdasarkan analisis molekuler pada gen hemagglutinin menunjukkan bahwa virus-virus dalam penelitian ini termasuk kategori HPAI dan memiliki kecenderungan untuk mengikat reseptor dari avian (avian binding receptor). Analisis filogenetik gen HA, NA dan hampir semua gen internal (PB2, PB1, PA, NP, dan NS) menunjukkan bahwa virus-virus yang diteliti termasuk dalam kelompok H5N1 clade 2.3.2.1c. Tetapi, terdapat salah satu virus dengan gen internal M (matrix) berasal dari virus H5N1 clade 2.1.3.2, sedangkan segmen gen yang lain masuk kelompok H5N1 clade 2.3.2.1c. Hal ini menunjukkan telah terjadi reasorsi genetik antara virus H5N1 clade 2.3.2.1c dan clade 2.1.3.2. Surveilans dan karakterisasi avian influenza secara rutin sebaiknya terus dilakukan untuk memonitor dinamika dan keanekaragaman virus yang beredar guna mendukung pengendalian penyakit avian influenza di Indonesia.
Description
Keywords
Avian Influenza, H5N1, Karakterisasi, Reaosrsi Genetik, NGS