Browsing by Author "Lestari"

Now showing 1 - 4 of 4
  • No Thumbnail Available
    Item
    Analisis Filogenetik Gen Hemaglutinin Virus Influenza A Subtype H5N1 Isolat Ayam Petelur di Maros, Sulawesi Selatan, 2021
    (Balai Besar Veteriner Maros, 2024-12) Mutisari, Dewi; Muflihanah; Lestari
    Avian Influenza (AI) adalah penyakit infeksius yang disebabkan oleh virus influenza tipe A. Infeksi Avian Influenza Virus (AIV) telah menyebabkan kerugian ekonomi di bidang industri peternakan dan masalah kesehatan masyarakat yang serius. Wabah HPAI H5N1 di Indonesia terjadi sejak tahun 2003. Berbagai upaya pencegahan dan pengendalian telah dilakukan, namun outbreak AIV masih terjadi hingga sekarang. Penelitian ini melakukan whole-genome sequencing (WGS) dengan teknik next generation sequencing (NGS) (Illumina) terhadap isolat ayam petelur yang berasal dari Kabupaten Maros, Sulawesi Selatan tahun 2021. Analisis molekuler dilakukan dengan melakukan multiple alignment dan prediksi asam amino menggunakan program MEGA 11. Pohon filogenetik dihasilkan melalui metode Neighbor-Joining dengan nilai bootsrap dihitung dari 1000 ulangan. Patogenesitas virus salah satunya dapat dilihat dari susunan asam amino cleavage site pada gen hemaglutinin (HA). Dari penelitian ini kami menyimpulkan bahwa isolat AIV ayam petelur dari Maros, Sulawesi Selatan tahun 2021 memiliki susunan asam amino PQRERRRK-GLF pada daerah cleavage site gen HA. Hal tersebut mengindikasikan bahwa isolat AIV tersebut merupakan virus AI yang bersifat patogen atau high pathogenic avian influenza (HPAI). Sedangkan berdasarkan analisis clade isolat AIV tersebut termasuk dalam virus H5N1 clade 2.3.2.1c.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Deteksi Deoxyribonucleic Acid (DNA) Virus Infectious Bovine Rhinotracheitis (IBR) dengan Teknik Realtime Polymerase Chain Reaction (PCR) pada Sampel Semen Sapi dan Embrio Tahun 2019
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Famia, Zaza; Lestari; Nurbintara, Muhammad Ridwan; Wibawa, Hendra; Pramastuti, Ira; Yuanita, Vika; Mulyawan, Herdiyanto; Poermadjaja, Bagoes; Direktorat Kesehatan Hewan
    Penyakit Infectious Bovine Rhinotracheitis (IBR) disebabkan oleh infeksi virus bovine herpes virus 1 (BHV-1). Virus ini masuk dalam famili Herpesviridae yang memiliki untai dasar double stranded deoxyribonucleic acid (DNA) dan memiliki glikoprotein utama (glikoprotein B (gB), gC dan gD). Tujuan penelitian ini untuk mendeteksi DNA virus IBR pada sampel semen sapi dan embrio sapi sebagai upaya pengamanan dan pengendalian penyakit hewan di Unit Pelaksana Teknis (UPT) Perbibitan sehingga dapat diperoleh benih dan bibit ternak yang berkualitas dan bebas dari penyakit IBR. Jenis sampel terdiri dari 256 sampel semen dari UPT BIB Singosari, dan BIBD Pakem Kabupaten Sleman, dan 37 sampel embrio dari BET Cipelang Kabupaten Bogor hasil surveilans aktif tahun 2019. Pengujian dilakukan dengan teknik realtime polymerase chain reaction (PCR) menggunakan gen glikoprotein B (gB). Teknik ini lebih cepat dan mudah sehingga akan mampu mendeteksi keberadaan virus IBR yang bersifat laten secara dini. Hasil uji realtime PCR IBR pada 256 sampel semen dan 37 embrio diperoleh 5 sampel semen (1,95%) positif IBR, sedangkan sampel embrio semua hasil negatif IBR. Kesimpulan yang didapat bahwa sampel semen terdeteksi BHV-1 dengan teknik realtime PCR IBR dan sampel embrio tidak terdeteksi BHV-1. Saran yang bisa diberikan yaitu UPT Perbibitan hendaknya melakukan pemeriksaan rutin dilakukan untuk sampel semen dan embrio untuk memonitoring dan mencegah penularan penyakit IBR dan sapi–sapi yang ada di UPT Perbibitan hendaknya dihindarkan dari faktor-faktor yang menyebabkan latensi.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Identifikasi dan Karakterisasi Genetik Virus Low Pathogenic Avian Influenza (LPAI) Subtipe H7N1 dan H10N2 pada Itik dengan Teknik Next Generation Sequencing (NGS)
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Lestari; Wibawa, Hendra; Lubis, Elly Puspasari; Rahayu, Rina Astuti; Pramastuti, Ira; Famia, Zaza; Yuanita, Vika; Mulyawan, Herdiyanto; Poermadjaja, Bagoes; Direktorat Kesehatan Hewan
    Virus avian influenza (AI) dikategorikan menjadi beberapa subtipe berdasarkan determinan antigen yang terdapat pada protein permukaan hemagglutinin (HA) dan neuraminidase (NA) yang dimilikinya. Itik termasuk salah satu unggas air yang merupakan reservoir alami virus AI. Semua subtipe virus AI pernah diisolasi dari unggas air tersebut. Namun, penelitian tentang subtipe selain H5N1 dan H9N2 pada itik di Indonesia belum banyak dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengarakterisasi secara genetik subtipe virus avian influenza yang diisolasi dari itik yang terdeteksi positif influenza tipe A namun negatif subtipe H5N1 dan H9N2. Materi yang digunakan dalam penelitian ini adalah sampel/isolat virus AI asal unggas itik yang telah terdeteksi positif virus influenza tipe A (positif gen matrik) dan negatif subtipe H5 dan H9 dengan pengujian realtime RT-PCR. Multi-segmen konvensional RT-PCR digunakan untuk mengamplifikasi genom virus AI kemudian dilanjutkan sequensing genom utuh virus dengan teknik Next Generation Sequencing (NGS). Analisis hasil sequensing dilakukan dengan software CLC Genomic Workbench. Analisis genetik dan filogenetik menggunakan konstruksi neighbor-joining tree dengan nilai replikasi bootstrap sebanyak 1000 kali menggunakan software Mega v7. Berdasarkan analisis molekuler menunjukkan bahwa gen HA dan NA virus-virus dalam penelitian ini termasuk dalam subtipe H7N1 dan H10N2. Karakterisasi genetik menunjukkan bahwa semua virus memiliki residu asam amino single basic pada HA cleavage site yang mengindikasikan low pathogenic avian influenza (LPAI). Analisis gen internal PB2 menunjukkan bahwa semua virus tidak memiliki substitusi asam amino E pada posisi 627 menjadi K (E237K) mengindikasikan tingkat virulensi yang rendah pada mamalia. Analisis terhadap resistensi obat-obatan antiviral pada gen NA menunjukkan asam-asam amino E119 dan H275 serta pada gen M2 menunjukkan asam-asam amino L26, V27 dan S31 mengindikasikan bahwa virus-virus tersebut sensitif terhadap obat-obatan antiviral. Desain primer-primer baru dalam pengujian PCR untuk mendeteksi virus AI subtype selain H5NI dan H9N2 perlu dikembangkan dan karakterisasi genetik rutin sebaiknya terus dilakukan guna mendeteksi dini semua subtype virus-virus avian influenza yang bersirkulasi di lapangan.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Reasorsi Genetik Virus Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 yang diisolasi dari Itik pada Program Surveilans Avian Influenza Tahun 2017
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Lestari; Pramastuti, Ira; Wibawa, Hendra; Famia, Zaza; Yuanita, Vika; Mulyawan, Herdiyanto; Direktorat Kesehatan Hewan
    Virus highly pathogenic avian influenza (HPAI) subtipe H5N1 berdampak serius pada sektor perunggasan di Indonesia sejak tahun 2003. Virus ini memiliki kemampuan berubah secara cepat melalui mekanisme mutasi (mutation) dan persilangan/reasorsi (reassortment) untuk kelangsungan hidup di dalam tubuh hospesnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter dan persilangan genetik virus HPAI subtipe H5N1 yang diisolasi dari itik. Sampel dikoleksi dari hasil uji PCR positif terhadap virus influenza tipe A yang berasal dari program surveilans avian influenza (AI) pada itik di wilayah kerja Balai Besar Veteriner (BBVet) Wates tahun 2017. Sampel-sampel yang terdeteksi positif subtipe H5 dari uji realtime reverse transcription PCR (qRT-PCR), dilanjutkan sequensing keseluruhan genom virus dengan teknik Next Generation Sequencing (NGS). Hasil sequencing di’BLAST’ ke dalam virus referensi yang ada di dalam database GenBank, kemudian disusun dan diekstrak secara whole genome didalam software CLC Genomic Workbench. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan menggunakan software Mega v7 untuk melihat ada tidaknya reasorsi genetik antar segmen virus (AI). Berdasarkan analisis molekuler pada gen hemagglutinin menunjukkan bahwa virus-virus dalam penelitian ini termasuk kategori HPAI dan memiliki kecenderungan untuk mengikat reseptor dari avian (avian binding receptor). Analisis filogenetik gen HA, NA dan hampir semua gen internal (PB2, PB1, PA, NP, dan NS) menunjukkan bahwa virus-virus yang diteliti termasuk dalam kelompok H5N1 clade 2.3.2.1c. Tetapi, terdapat salah satu virus dengan gen internal M (matrix) berasal dari virus H5N1 clade 2.1.3.2, sedangkan segmen gen yang lain masuk kelompok H5N1 clade 2.3.2.1c. Hal ini menunjukkan telah terjadi reasorsi genetik antara virus H5N1 clade 2.3.2.1c dan clade 2.1.3.2. Surveilans dan karakterisasi avian influenza secara rutin sebaiknya terus dilakukan untuk memonitor dinamika dan keanekaragaman virus yang beredar guna mendukung pengendalian penyakit avian influenza di Indonesia.