Analisis Sidik Jari DNA Varietas Tanaman Pangan
No Thumbnail Available
Date
2005
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
BB Biogen
Abstract
Pada tahun anggaran 2004 telah dilakukan identifikasi varietas secara molekuler dengan menggunakan marka SSR (simple sequence repeat) berlabel flouresen terhadap 96 aksesi padi, ubi jalar, dan kedelai menggunakan alat DNA genetic analyzer berbasis elektroforesis kapiler. Dengan teknologi ini, ukuran fragmen DNA yang diperoleh dapat dibaca lebih akurat, pengoperasian alat lebih otomatis, dan high-troughput. Pembacaan fragmen yang akurat sangat diperlukan terutama dalam usaha identifikasi varietas untuk keperluan konformasi, registrasi, dan dalam rangka perlindungan varietas tanaman (PVT). Di samping itu, karakterisasi plasma nutfah secara umum dapat digunakan untuk studi keragaman genetik dan identifikasi alel atau gen yang bermanfaat untuk perbaikan tanaman. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hampir semua aksesi yang digunakan mempunyai sidik jari DNA atau identitas genetik yang unik. Alel-alel jarang (frekuensi <5%) yang dapat mempunyai potensi penting dalam program perbaikan tanaman juga terdeteksi dalam penelitian ini. Klasterisasi yang sangat jelas terlihat dari hasil penelitian terhadap 96 aksesi padi dengan menggunakan 30 marka SSR, yaitu kelompok kerabat liar, Japonica, dan Indica. Sebanyak 305 alel terdeteksi, berkisar antara 4-22 per lokus. Di samping itu, dapat pula diidentifikasi alel-alel yang spesifik untuk masing-masing klaster, maupun kombinasi dari dua klaster ataupun lebih terdeteksinya alel-alel yang spesifik untuk klaster tertentu dapat membantu dalam menentukan marka SSR mana yang dapat digunakan dalam suatu populasi hasil persilangan. Rerata nilai diversitas gen adalah 0,612, sedangkan nilai PIC (polymorphism information content) adalah 0,581. Hasil analisis 96 aksesi ubi jalar dengan 10 SSR menunjukkan bahwa tidak ada keterkaitan antara aksesi dengan daerah asal, kecuali aksesi dari Papua. Kelompok plasma nutfah Wamena mendominasi klaster yang berbeda dengan kelompok Manokwari. Hal ini dapat disebabkan oleh adanya kombinasi antara perbedaan material plasma nutfah pada waktu pertama kali introduksi dan isolasi geografis, yang mengakibatkan adanya peningkatan jarak genetik di antara keduanya. Sebagian plasma nutfah dari kedua daerah tersebut juga ditemukan tersebar di klaster-klaster lain. Hal ini menunjukkan tingginya tingkat keragaman genetik plasma nutfah yang berasal dari daerah Papua, yang memberikan dukungan data secara molekuler bahwa Papua merupakan pusat sekunder keragaman genetik plasma nutfah ubi jalar dunia. Untuk tanaman kedelai, hasil analisis menggunakan 10 SSR terhadap 96 aksesi kedelai menunjukkan bahwa 116 alel dapat teridentifikasi, berkisar antara 7-19 alel per lokus, dengan nilai PIC 0,703. Varietas unggul yang digunakan cenderung mengelompok dalam klaster tertentu secara bersama-sama yang menunjukkan kedekatan hubungan kekerabatan di antara varietas unggul tersebut. Selain itu, terdeteksi perbedaan genetis di antara dua aksesi yang mempunyai nama sama dengan nomor aksesi yang berbeda, sebaliknya terdeteksi pula aksesi yang mempunyai nama berbeda ternyata mempunyai identitas genetis yang sama.
Description
Keywords
Identifikasi varietas, keragaman genetik, padi, ubi jalar, kedelai, SSR berlabel flouresen, elektroforesis kapiler.