Browsing by Author "Prasetiyono ...[at al], Joko"

Now showing 1 - 5 of 5
  • No Thumbnail Available
    Item
    Analisis Diversitas Genetik 53 Genotipe Padi Indonesia Menggunakan 6K Marka Single Nucleotide Polymorphism
    (BB Biogen, 2018-06) Prasetiyono ...[at al], Joko; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
    Indonesia memiliki keragaman genetik padi yang tinggi, tetapi baru sebagian kecil yang telah dimanfaatkan untuk program pemuliaan. Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman genetik varietas unggul Indonesia yang telah dilepas menggunakan 6K marka SNP. Penelitian dilakukan di BB Biogen untuk isolasi DNA dan IRRI untuk deteksi marka SNP. Materi genetik yang digunakan adalah 53 genotipe padi, terdiri atas 49 varietas unggul dan 4 genotipe padi cek. Marka SNP yang digunakan sebanyak 6K lokus. Hasil penelitian menunjukkan dari 6K marka SNP yang dianalisis, sebanyak 4.606 marka (76,77%) berhasil terbaca. Marka SNP tersebut tersebar pada dua belas kromosom dengan panjang total 945.178,27 bp. Alel terbanyak yang muncul adalah GG dan yang paling sedikit adalah TG. Dendrogram 53 varietas hasil analisis menggunakan 4.606 marka SNP menunjukkan beberapa kelompok berisi campuran padi tipe indica dan japonica. Tidak ada kelompok yang secara tegas berisi padi tipe indica atau japonica saja. Analisis STRUCTURE (K = 2) pada nilai 0,8 membagi 53 varietas padi ke dalam beberapa kelompok dan tiap kelompok berturut-turut terdiri atas 4 genotipe tipe japonica, 2 genotipe tipe tropical japonica, 46 genotipe tipe indica, dan 1 genotipe tipe aus. IR64 dan Ciherang terbukti memiliki genom indica, sedangkan Rojolele memiliki genom tipe japonica. Dupa dan Hawara Bunar yang biasanya dikelompokkan ke dalam tipe tropical japonica, ternyata termasuk tipe indica. Hawara Bunar memiliki 100% tipe indica. Hasil penelitian ini menunjukkan pengelompokan tipe padi (indica-japonica) yang hanya didasarkan pada karakter morfologis, seperti bentuk bulir dan bentuk daun, belum cukup. Penggunaan marka SNP patut dipertimbangkan untuk tujuan tersebut.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Genetic Variation of Adan, a Krayan Local Rice Mutant, Using Microsatellite Markers
    (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, 2022-01-19) Prasetiyono ...[at al], Joko; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian
    Abstract. One of the famous local rice in the border region of North Kalimantan Province with Malaysia is Adan rice. However, the long growth duration of Adan rice (around six months) means that local farmers can only plant this rice once a year. Efforts to shorten the life of Adan rice have been carried out using gamma-ray radiation, and resulted an early heading mutant lines with four-month old possessing physical characteristics similar to Adan rice. This study aimed to evaluate genetic variaton on selected Adan rice mutants using SSR markers. This research was conducted at the Molecular Biology Laboratory, Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, from February to July 2015. A total of eight selected short-duration mutants and Adan cultivar (its wild type) were genotyped using seventy one SSR markers located on all rice chromosomes. Genetic similarity among tested samples was determined using the Dice coefficient, followed by grouping the samples using the UPGMA method facilitated in NTSYSpc-2.02 software. The seventy one SSR markers produced 1􀀐9 bands, 1􀀐10 alleles with the PIC value ranged from 0.00􀀐0.97. The dendrogram grouped the mutant lines into two groups at a similarity level of 65%. The first group contained Adan rice, A28, A25, and A27 rice mutant lines, while the second ones consisted of A51, A88, A93.1, A93.2, and A50 rice mutant lines. The group I can be used as candidates for mutant development at Krayan District, where Adan rice is usually planted. This research also showed that SSR markers can be used to identify the genomic changes in rice mutants.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Marka Mikrosatelit: Marka Molekuler yang Menjanjikan
    (BB Biogen, 2004) Prasetiyono ...[at al], Joko; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
    Microsatellite Marker: The Promising Molecular Marker. Joko Prasetiyono and Tasliah. Microsatellite or simple sequence repeats (SSR) or short tandem repeats (STR) containing 1-6 nucleotide repeat sequence are abundant and well distributed all along the chromosome arms (in contrast to minisatellite which are more abundant close to the telomere in human), highly polymorphic, and hypervariable. Microsatellite markers are a valuable tool for genetic analysis, genome mapping, genome selection, gene tagging, germplasm characterization, cultivar identification, etc. It have been made on many species by hybridization or based on DNA database, to prove very useful in a variety of research areas involving plant system. Automated SSR analysis are gradually replacing manual systems because reducing time consumption and more samples can be analyzed. In the future, SSR analysis will be the most popular molecular markers for any purpose on any species.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Pemendekan Umur Padi Adan-Krayan Menggunakan Teknik Radiasi Sinar Gamma
    (IAARD Press, 2012-12) Prasetiyono ...[at al], Joko; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
    Salah satu plasma nutfah padi di wilayah Provinsi Kalimantan Timur adalah pfadi Adan, namun petani hanya bisa menanam satu kali dalam setahun karena umurnya yang relatif lama (6 bulan). Oleh karena itulah dilakukan penelitian untuk memperoleh galur-galur padi Adan yang berumur lebih genjah dibanding tetuanya tanpa mengurangi tekstur dan cita rasanya. Materi yang digunakan adalah padi (Adan) Kelabit yang ditanam oleh petani di Desa Krayan. Untuk mendapatkan efek mutasi benih padi diradiasi dengan sinar gamma pada dosis 0, 50, 100, 150, 200, dan 250 Gy. Penyinaran dilakukan di Pusat Aplikasi Isotop dan Radiasi, BATAN, Jakarta. Pertanaman di lapangan dilakukan di KP Muara, BB Padi di Bogor. Analisis molekuler dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, BB-Biogen, Bogor. Seleksi individual pada tanaman M1 telah diperoleh padi Adan yang berumur lebih pendek dibandingkan tetuanya. Mutasi sinar gamma telah berhasil memendekkan umur padi Adan dari 6 bulan menjadi 4 bulan. Pada tanaman M2 galur-galur terpilih yang telah diseleksi sebelumnya menunjukkan kestabilan percepatan pembungaan, namun tanaman tersebut mengalami penurunan jumlah anakan dan kehampaan yang tinggi. Analisis molekuler menggunakan beberapa marka mikrosatelit menunjukkan beberapa lokus masih identik dengan lokus padi Adan. Diharapkan galur-galur baru yang berumur genjah tersebut akan memiliki tekstur dan cita rasa sama seperti induknya.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Survei Primer Mikrosatelit dan Isolasi DNA Tanaman F2 (Dupa x ITA131)
    (Balai Penelitian Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian, 2002-11) Prasetiyono ...[at al], Joko; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
    Lahan masam di Indonesia diperkirakan mencapai 27,5 juta hektar (29,7% luas daratan). Perkembangan dibidang biologi molekuler memungkinkan untuk men-deteksi markah molekuler yang terpaut dengan sifat toleransi terhadap keracun-an aluminium. Markah mikrosatelit merupakan salah satu markah baru yang memiliki potensi tinggi dibidang pemuliaan tanaman. Markah tersebut bisa di-percaya, efektif, ekonomis, dan praktis. Berdasarkan hal tersebut akan dilaku-kan pemetaan alel-alel yang terpaut dengan toleransi keracunan aluminium pa-da kultivar asli Indonesia. Peta akan dibuat dengan menggunakan 190 generasi F2 persilangan Dupa (Indonesia, toleran) dan ITA131 (Afrika, sensitif). Data fenotipik akan didapatkan dari pengujian F2 dan F3 di bawah kondisi stress aluminium dibandingkan dengan kondisi normal. Sebanyak 243 markah mikro-satelit akan diaplikasikan. Program Mapmaker/QTL akan digunakan untuk mak-sud pemetaan tersebut. Uji fenotipik pada F2 telah dilakukan pada tahun 2000. Pada tahun 2001 telah dilakukan pengujian primer pada 2 tetua dan diperoleh 110 primer yang menghasilkan pita polimorfik. Dari primer tersebut, dipilih 70 primer untuk digunakan pada analisis segregasi pada 190 F2 (Dupa x ITA131). Isolasi DNA F2 telah dikerjakan dan siap digunakan untuk analisis segregasi.