Analisis Diversitas Genetik 53 Genotipe Padi Indonesia Menggunakan 6K Marka Single Nucleotide Polymorphism
No Thumbnail Available
Date
2018-06
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
BB Biogen
Abstract
Indonesia memiliki keragaman genetik padi yang tinggi, tetapi baru sebagian kecil yang telah dimanfaatkan untuk program pemuliaan. Penelitian ini bertujuan mengetahui keragaman genetik varietas unggul Indonesia yang telah dilepas menggunakan
6K marka SNP. Penelitian dilakukan di BB Biogen untuk isolasi DNA dan IRRI untuk deteksi marka SNP. Materi genetik yang digunakan adalah 53 genotipe padi, terdiri atas 49 varietas unggul dan 4 genotipe padi cek. Marka SNP yang digunakan sebanyak 6K lokus. Hasil penelitian menunjukkan dari 6K marka SNP yang dianalisis, sebanyak 4.606 marka (76,77%) berhasil terbaca. Marka SNP tersebut tersebar pada dua belas kromosom dengan panjang total 945.178,27 bp. Alel terbanyak yang muncul adalah GG dan yang paling sedikit adalah TG. Dendrogram 53 varietas hasil analisis menggunakan 4.606 marka SNP menunjukkan beberapa kelompok berisi campuran padi tipe indica dan japonica. Tidak ada kelompok yang secara tegas berisi padi tipe indica atau japonica saja. Analisis STRUCTURE (K = 2) pada nilai 0,8 membagi 53 varietas padi ke dalam beberapa kelompok dan tiap kelompok berturut-turut terdiri atas 4 genotipe tipe japonica, 2 genotipe tipe tropical japonica, 46 genotipe tipe indica, dan 1 genotipe tipe aus. IR64 dan Ciherang terbukti memiliki genom indica, sedangkan Rojolele memiliki genom tipe japonica. Dupa dan Hawara Bunar yang biasanya dikelompokkan ke dalam tipe tropical japonica, ternyata termasuk tipe indica. Hawara Bunar memiliki 100% tipe indica. Hasil penelitian ini menunjukkan pengelompokan tipe padi (indica-japonica) yang hanya didasarkan pada karakter morfologis, seperti bentuk bulir dan bentuk daun, belum cukup. Penggunaan marka SNP patut dipertimbangkan untuk tujuan tersebut.
Description
Keywords
Padi, SNP, keragaman genetik, indica, japonica.