Analisis Filogenetik pada Sapi Peranakan Angus
No Thumbnail Available
Date
2016-10-29
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Sekolah Pascasarjana UGM
Abstract
Studi terkait kemurnian ternak sapi di Indonesia perlu dilakukan
guna mengetahui nilai kekerabatan dan memprediksi nenek moyang,
agar usaha pemuliaan ternak dapat dilakukan secara tepat. Hal tersebut
dapat dilakukan dengan menggunakan studi kekerabatan berdasar gen
Cytochrome b yang hanya diwariskan secara maternal. Penelitian ini
menggunakan sampel sebanyak 15 ekor sapi Peranakan Angus, berasal
dari Sragen, Jawa Tengah, yang telah dibudidayakan sejak tahun 1980-an
oleh peternak rakyat. Materi pembanding berupa 54 data sekuen referensi
gen Cytochrome b dari berbagai sapi dan negara (GenBank). Pembuatan
pohon filogenetik menggunakan program Mega 6 dengan metode
maximum likelihood (1000 nilai Bootstrap, parameter Tamura-Nei) dengan
pembanding 8 sekuen gen Cytochrome b individu out-group (GenBank).
Hasil yang didapatkan ialah sapi Peranakan Angus yang disampel terbagi
dalam 2 cabang moyang, yaitu cabang yang memuat Banteng (Bos javanicus)
dan cabang Sapi Domestik (Bos indicus dan Bos taurus), dengan mayoritas
sampel (n= 13) berada pada cabang Banteng. Hal ini menunjukkan bahwa
sebagian besar sapi Indonesia masa kini, baik persilangan maupun lokal
memiliki moyang maternal yang berasal dari Banteng dan sebagian kecil
memiliki kedekatan moyang dengan Bos indicus atau Bos taurus. Kuat
praduga bahwa moyang sapi asli Indonesia dan sekitarnya ialah dari spesies
Bos javanicus, Bos sauveli, Bos grunniens, dan Bos frontalis.
Description
Studi terkait tingkat kekerabatan ternak dan prediksi
nenek moyangnya perlu dilakukan, untuk mendukung
usaha konservasi suatu bangsa ternak maupun untuk
kepentingan pengembangan pemuliaan ternak tersebut.
Salah satu teknik yang berkembang untuk mengetahui
tingkat kekerabatan suatu organisme ialah teknik
perbandingan materi genetik, dengan pemahaman bahwa
adanya laju evolusi serta spesialisasi suatu populasi,
pembuatan pohon filogenetik berdasarkan materi genetik
dapat merekonstruksi hubungan kekerabatan, dan metode
Maximum likelihood sesuai digunakan dalam konteks
keilmuan saat ini (Aprilanto dan Sembiring, 2016). Materi
genetik pada organisme eukariot dibedakan menjadi
materi genetik pada inti (DNA inti) dan materi genetik
pada mitokondria (mtDNA), studi pada mtDNA kerap
digunakan untuk mengetahui laju evolusi, migrasi suatu
populasi, maupun kekerabatan (Karp, 2010), karena
mitokondria diwariskan hanya dari jalur maternal
(Griffiths et al., 2005). Gen cytochrome b (Cyt b) merupakan
mtDNA yang kerap digunakan untuk analisis kekerabatan
ternak sapi (Kikkawa et al., 2005; Mohamad et al., 2005;
Hartatik et al., 2015). Sapi peranakan Angus merupakan
hasil persilangan sapi lokal di daerah Sragen Jawa Timur
dengan sapi Angus sejak tahun 1980an, hal ini serupa
dengan pembentukan sapi Brangus, yaitu dengan hasil
final berkomposisi darah 5/8 Angus dan 3/8 Brahman
(Neser et al., 2012). Sapi yang ada saat ini tidak dapat
lepas dari fakta bahwa telah terjadi domestikasi dari
sapi liar, selama proses domestikasi tersebut akan terjadi
laju seleksi genetis kearah yang diinginkan manusia
(Diamond, 2002). Penelitian ini menggunakan materi
berupa gen Cyt b pada 15 sapi Peranakan Angus, dengan
pembanding berupa 54 sekuen (GenBank) gen Cyt b dari
berbagai negara dan berbagai bangsa sapi