Sekuensing Metagenomik Antimicrobial Resistance Genes (ARG) pada Sampel Lingkungan di Rumah Potong Unggas Menggunakan MinION Nanopore
No Thumbnail Available
Date
2020
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Direktorat Kesehatan Hewan
Abstract
Metode sekuensing metagenomik terutama untuk keperluan diagnostik mikrobiologi selama ini terkendala dengan sulitnya proses sekuensing, biaya yang cukup besar dan lamanya waktu yang diperlukan. Penemuan baru MinION Nanopore diharapkan mampu memperkecil kendala tersebut diatas. Dengan kemampuan untuk mendeteksi gen resistensi antimikroba/Antimicrobial Resistance Genes (ARG), MinION diharapkan mampu mempercepat diagnosa dan penyajian profil resistensi. Menggunakan total DNA sampel air limbah pemotongan Rumah/Tempat Pemotongan Unggas (RPU/TPU) di Kota Bogor, diperoleh profil bakteri termasuk di dalamnya bakteri patogen dan juga profil resistensi pada masing-masing bakteri. MinION Nanopore mampu mengidentifikasi lebih dari 100 mikroorganisme tanpa melakukan isolasi, diantaranya ditemukan lebih dari 16 bakteri yang bersifat patogen. Selain itu MinION juga mampu mengidentifikasi 25 ARG dalam bakteri tersebut. Dengan menggunakan software bioinformatika EPI2ME ditemukan 7 target Antimicrobial Resistance (AMR) yaitu Aminoglycoside Resistance, Beta Lactam Resistance, Lincosamide Resistance, Macrolide Resistance, Phenicol Resitance, Quinolone Resistance, Sulfonamide Resistance. Sekuensing metagenomik dengan menggunakan MinION Nanopore mampu menghasilkan data secara komprehensif dan juga kemampuan untuk mendeteksi gen resistensi antimikrobial (ARG) dalam jangka waktu yang tidak terlalu lama.
Description
Keywords
Sekuensing Metagenomik, MinION Nanopore, Antimicrobial Resistance (AMR), Antimicrobial Resistance Genes (ARG)