Browsing by Author "Rahayu, Puji"

Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Item
    Metode qPCR SYBR Green dengan Melting Curve Analysis untuk Identifikasi dan Diferensiasi Daging Babi Ternak dan Daging Babi Hutan
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Rahayu, Puji; Cahyaningsari, Diyan; Anisatun, Hanif; Metrizal; Direktorat Kesehatan Hewan
    Salah satu upaya penjaminan mutu dan keamanan pangan asal hewan dilakukan dengan cara pengembangan metode untuk mengidentifikasi spesies terkait pemalsuan dan kehalalan suatu produk hewan. Metode qPCR dengan Melting Curve Analysis (MCA) dikembangkan dalam upaya untuk identifikasi dan diferensiasi spesies babi dan babi hutan yang banyak terkait dengan pemalsuan dan kehalalan produk hewan. Dengan menggunakan sepasang primer dan profil PCR yang sama metode ini mampu mengidentifikasi dan juga mendiferensiasi babi ternak dan babi hutan berdasarkan kurva leleh amplikonnya. Pada hasil amplifikasi tidak bisa membedakan antara babi ternak dan babi hutan, oleh karena itu diperlukan analisis tambahan yang mampu digunakan untuk mendiferensiasi babi ternak dengan babi hutan . Hasil analisa terhadap kurva leleh amplikon dapat digunakan sebagai dasar untuk membedakan babi ternak dengan babi hutan karena melting temperature (Tm) yang dihasilkan berbeda berbeda yaitu 81.50 C untuk babi ternak dan 82.30 C untuk babi hutan. Uji t terhadap nilai Tm (Tabel 3) menunjukkan bahwa terdapat perbedaan yang nyata antara Tm dari DNA babi ternak dan DNA babi hutan (p<0.05). Dengan adanya analisis tambahan dengan menggunakan Melting Curve Analysis bisa dilakukan diferensiasi antara babi dengan babi hutan . Teknik pengujian qPCR berbasis SYBR Green-melting curve analysis (SYBR Green-MCA) merupakan metode yang cepat dan akurat untuk identifikasi dan diferensiasi spesies. Metodologi yang ditetapkan dalam pengembangan ini dapat digunakan untuk melakukan identifikasi dan diferensiasi pada spesies terutama yang berkaitan dengan kehalalan suatu produk pangan asal hewan.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Sekuensing Metagenomik Antimicrobial Resistance Genes (ARG) pada Sampel Lingkungan di Rumah Potong Unggas Menggunakan MinION Nanopore
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Rahayu, Puji; Cahyaningsari, Diyan; Anisatun, Hanif; Metrizal; Alfarizi, Fuad; Direktorat Kesehatan Hewan
    Metode sekuensing metagenomik terutama untuk keperluan diagnostik mikrobiologi selama ini terkendala dengan sulitnya proses sekuensing, biaya yang cukup besar dan lamanya waktu yang diperlukan. Penemuan baru MinION Nanopore diharapkan mampu memperkecil kendala tersebut diatas. Dengan kemampuan untuk mendeteksi gen resistensi antimikroba/Antimicrobial Resistance Genes (ARG), MinION diharapkan mampu mempercepat diagnosa dan penyajian profil resistensi. Menggunakan total DNA sampel air limbah pemotongan Rumah/Tempat Pemotongan Unggas (RPU/TPU) di Kota Bogor, diperoleh profil bakteri termasuk di dalamnya bakteri patogen dan juga profil resistensi pada masing-masing bakteri. MinION Nanopore mampu mengidentifikasi lebih dari 100 mikroorganisme tanpa melakukan isolasi, diantaranya ditemukan lebih dari 16 bakteri yang bersifat patogen. Selain itu MinION juga mampu mengidentifikasi 25 ARG dalam bakteri tersebut. Dengan menggunakan software bioinformatika EPI2ME ditemukan 7 target Antimicrobial Resistance (AMR) yaitu Aminoglycoside Resistance, Beta Lactam Resistance, Lincosamide Resistance, Macrolide Resistance, Phenicol Resitance, Quinolone Resistance, Sulfonamide Resistance. Sekuensing metagenomik dengan menggunakan MinION Nanopore mampu menghasilkan data secara komprehensif dan juga kemampuan untuk mendeteksi gen resistensi antimikrobial (ARG) dalam jangka waktu yang tidak terlalu lama.