Browsing by Author "Nugroho, Kristianto"

Now showing 1 - 3 of 3
  • No Thumbnail Available
    Item
    Karakterisasi Molekuler Materi Genetik Padi Lokal (Oryza Sativa L.) Asal NTB dan Yogyakarta Menggunakan Penanda Mikrosatelit
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, 2018-12-01) Nugroho, Kristianto; Mastur; Lestari, Puji
    Abstrak Tujuan dari penelitian ini adalah melakukan karakterisasi molekuler materi genetik padi lokal asal NTB dan Yogyakarta menggunakan penanda mikro satelit. Penelitian ini dilaksanakan pada bulan Agustus hingga September 2017 di Laboratorium Biologi Molekuler BB Biogen. Sebanyak 18 varietas padi di amplifikasi menggunakan sepuluh pasang marka mikro satelit yang berasal dari beberapa referensi. Pita amplikon selanjutnya diskor sebagai data biner dan dianalisis menggunakan perangkat lunak NTSYS dan Power Markers. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 52 alel berhasil dideteksi pada 18 varietas padi pada penelitian ini. Rata-rata jumlah alel yang dihasilkan sebesar 5,2 dengan rentang 2-9 alel per lokus. Frekuensi alel utama yang diperoleh pada p18 p.; enelitian ini berkisar dari 22% (RM144) hingga 67% (RM259) dengan rata-rata sebesar 42%. Nilai PIC (Polymorphism Information Content) berkisar dari 0,33 (RM105) hingga 0,85 (RM248) dengan rata-rata sebesar 0,65. Analisis kekerabatan menunjukkan bahwa 18 varietas padi pada penelitian ini memisah menjadi dua klaster utama pada koefisien kesamaan genetik 0,62. Sebagian besar varietas padi lokal mengelompok pada klaster kedua bersama varietas unggul baru, sementara varietas lokal asal NTB dan Yogyakarta masing-masing berada pada klaster yang terpisah. Selain itu varietas lokal asal Yogyakarta memiliki jarak genetik yang lebih dekat dengan varietas unggul baru dibanding varietas asal NTB. Informasi mengenai hubungan kekerabatan yang diperoleh pada penelitian ini sangat penting dalam mendukung pelestarian plasma nutfah padi lokal serta dapat dimanfaatkan dalam menentukan varietas potensial yang dapat dikembangkan ke depannya dalam mendukung program percepatan pemuliaan tanaman padi di Indonesia. Abstract The aim of this study was to do a molecular characterization of local rice germplasms from NTB (West Nusa Tenggara) and Yogyakarta by using microsatellite profile. The research was conducted in ICABIOGRAD Molecular Biology Laboratory from August to September 2017. There were 18 rice varieties that were amplified by using 10 microsatellite markers based on references. The amplicon band was scored as binary data and were analyzed using NTSYS and Power Marker. The results showed that as many as 52 alleles were detected in this study. The average number of alleles was 5.2 with a range of 2-9 alleles per locus. The main allele frequency ranged from 22% (RM144) to 67% (RM259) with an average of 42%. The value of PIC ranged from 0.33 (RM105) to 0.85 (RM248) with an average of 0.65. The genetic relationship showed that 18 local varieties were separated into two clusters in the similarity coefficient of 0.62. Most of local varieties were grouped in the second cluster including all new improved varieties, in contrast to the first cluster which consisted of few varieties. Importantly, all local varieties from NTB and Yogyakarta were distinctive in the two generated clusters. The local rice from Yogyakarta was closer to the new improved varieties than those from NTB. The information of genetic relationship and diversity is important to support the preservation according to their geographical origin and to determine potential crossing parents to accelerate rice breeding program in Indonesia.
  • Thumbnail Image
    Item
    Panduan Cepat Keamanan Pekerja Di Laboratorium Biologi Molekuler
    (IAARD Press, 2020-08-31) Nugroho, Kristianto; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
  • No Thumbnail Available
    Item
    Pengembangan Marka Molekuler Berdasarkan Variasi Nukleotida Di 6 Phosphofructokinase-2 Dan Glucose-6-Phosphatase-Phosphate Translocator Pada Padi Japonica
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, 2018-12-01) T. Terryana, Rerenstradika; Nugroho, Kristianto; Lestari, Puji
    Abstrak 6-phosphofructokinase-2 (PFK2) merupakan protein yang terlibat dalam jalur fosforilasi dalam biosintesispati dan diduga berkontribusi terhadap sifat fisiko-kimia yang menentukan mutu rasa beras.Glucose-6-phosphatase/phosphate translocator (GPT) diduga terlibat dalam tahap perkecambahan, perkembangan polen dan kantong embrio, serta pemasakan biji pada tanaman padi.Studi lebih lanjut sangat dibutuhkan terhadap gen-gen pada posisi QTL terkait mutu rasa terutamaPFK2 dan GPT pada padi japonica.Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis variasi genetik varietas padi japonica berdasarkan gen PFK2 dan GPT, serta memverifikasi marka molekuler hasil pengembangannya. Sebanyak 22 varietas padi japonica diamplifikasi menggunakan primer STS pada sekuen parsial PFK2 dan GPT, kemudiansekuennya disejajarkan dengan kultivar rujukan dan dikembangkan marka molekulernya berdasarkan varian terpilih. Sejumlah SNP diidentifikasi pada PFK2 dan GPT. SNP G/A di 158 bp pada PFK2 dan 602 bp pada GPT menunjukkan variasi genetik pada varietas padi japonica dan didesain primernya yaitu PFruc1/EcoRI dan G6P1/Alw26 masing-masing untuk PFK2 dan GPT. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa tanpa mempertimbangkan asal varietas, 3 klaster utama dibentuk yang terdiri dari 2 (klaster I), 5 (klaster II) dan 15 varietas (klaster III).Varietas pada klaster III dicirikan dengan alel A baik pada PFK2 maupun GPT. Hasil analisis filogenetik juga membuktikan bahwa alel spesifik yang hanya ditemukan pada varietas tertentu berpengaruh terhadap jarak genetik yang berimplikasi pada kedekatan antara varietas padi japonica. Secara umum variasi genetik dan marka molekuler yang dikembangkan untuk gen PFK2 dan GPT akan bermanfaat sebagai informasi dasar program pemuliaan padi tidak hanya japonica namun juga subspesies lainnya dan penting untuk evaluasi plasma nutfah padi. Abstract 6-phosphofructokinase-2 (PFK2), a protein involved in the phosphorylation pathway of starch biosynthesis and allegedly contributes to physicochemical properties, determining eating quality of rice. Glucose-6-phosphatase/phosphate translocator (GPT) is allegedly involved in seedling phase, pollen and embryo sac development and ripening of rice seed. Further study of these genes within the QTLs related to eating quality, particularly, PFK2 and GPT on japonica rice is needed. This study aimed at analyzing the genetic variation of japonica rice varieties based on PFK2 and GPT, and verifying the molecular markers developed. A total of 22 japonica varieties was amplified using STS primers for partial sequences ofPFK2 and GPT, aligned their resulting sequences with the reference cultivar and developed molecular markers for selected variants. A number of SNPs were identified on PFK2 and GPT. SNP G/A at 158 bp on PFK2and 602 bp on GPT showed variation among japonica rice varieties, consequently we developed the corresponding markers namelyPFruc1/EcoRI and G6P1/Alw26, respectively. Phylogenetic analysis showed that regardless of the variety origin, three main clusters were generated and consisted of two (cluster I), five (clusterII) and fifteen varieties (cluster III). Varieties on cluster III were characterized by allele A both in PFK2 and GPT.Furthermore, the phylogenetic tree proved that specific alleles only found in certain varieties influenced the different genetic distance that implied for the relatedness among japonica rice varieties. Taken together, genetic variation and molecular markers developed for PFK2 and GPT genes will be useful as basic information for not only japonica rice breeding but also other subspecies and is important for evaluation of rice germplasm.