Identifikasi Virus Reassortant H5N1 Clade 2.3.2.1C dari Outbreak Highly Pathogenic Avian Influenza pada Unggas di Indonesia Tahun 2015-2016

Simple item page
dc.contributor.authorWibawa, Hendra
dc.contributor.authorDharmawan, Rama
dc.contributor.authorMulyawan, Herdiyanto
dc.contributor.authorMahawan, Trian
dc.contributor.authorSrihanto, Eko A
dc.contributor.authorMiswati, Yuli
dc.contributor.authorHutagaol, Nensy M
dc.contributor.authorRiyadi, Arif
dc.contributor.authorHartawan, Dinar H.W.
dc.contributor.authorHendrawati, Ferra
dc.contributor.authorDeswarni
dc.contributor.authorZenal, Farida C
dc.contributor.authorHartaningsih, Nining
dc.contributor.authorPoermadjaja, Bagoes
dc.date.accessioned2020-03-26T07:35:55Z
dc.date.available2020-03-26T07:35:55Z
dc.date.issued2018
dc.description.abstractSalah satu sifat virus avian influenza (AI), termasuk virus dari kelompok ganas atau highly pathogenic AI (HPAI) subtipe H5N1, adalah kemampuan untuk terus berubah melalui mekanisme mutasi (mutation) dan persilangan/reasorsi (reassortment) genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengkharakterisasi virus-virus H5N1 terkini dengan pendekatan whole genome sequencing dan analisis bioinformatika virus AI. Teknik Next Generation Sequncing (NGS) digunakan untuk sekuensing sampel-sampel yang dikoleksi oleh Balai Besar Veteriner/Balai Veteriner di seluruh Indoesia dari kasus kematian unggas yang meningkat dari Desember 2015-April 2016. Hasil sekuens penuh (full-length) genom virus AI (terdiri dari 8 segmen: PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, MP, NS) diblast dalam database genom influenza di Genbank, dilanjutkan analisa filogenetik, dan kharakterisasi asam-asam amino yang berperan dalam patogenesis virus HPAI. Hasil studi menunjukkan bahwa reassorsi genetik teridentifikasi pada beberapa segmen gen internal (PB2, M dan NS) dari virus H5N1 yang saat ini dominan ditemukan pada unggas di Indonesia (clade 2.3.2.1) dengan virus H5N1 yang dideteksi sebelumya (clade 2.1.3.2). Selain itu juga terdeteksi adanya virus-virus reassortant HPAI H5N1 Clade 2.3.2.1 yang memiliki segmen gen internal PB2 yang diduga berasal dari virus low pathogenic AI (LPAI). Hasil ini mengindikasikan adanya sirkulasi bersama beberapa virus AI dari jenis clade dan subtipe yang berbeda-beda sebelum terjadi peningkatan outbreak HPAI pada awal 2016, yang berdampak terjadinya infeksi campuran (co-infection) pada satu spesies inang sehingga menghasilkan virus-virus reassortant. Surveilans pada aras molekuler sangat dibutuhkan untuk terus memonitor perkembangan evolusi virus AI di Indonesiaen_US
dc.identifier.urihttps://repository.pertanian.go.id/handle/123456789/8866
dc.language.isoiden_US
dc.publisherDirektorat Kesehatan Hewanen_US
dc.subjectAvian influenzaen_US
dc.subjectClade 2.3.2.1cen_US
dc.subjectReassortmenten_US
dc.subjectWhole genome sequencingen_US
dc.subjectNGSen_US
dc.titleIdentifikasi Virus Reassortant H5N1 Clade 2.3.2.1C dari Outbreak Highly Pathogenic Avian Influenza pada Unggas di Indonesia Tahun 2015-2016en_US
dc.typeArticleen_US
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
Prosiding 2018-275-283.pdf
Size:
1.29 MB
Format:
Adobe Portable Document Format
Description:
Article
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:
Download
Collections
Prosiding Penyidikan Penyakit Hewan