Markers of DNA Applicable for Genetic Mapping of Physic Nut Genome
No Thumbnail Available
Date
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan
Abstract
Description
Jatropha (Jatropha curcas) is an oil producing crop that can be used as supplements or substitutes of diesel fuel to replace fosil-based energy. This crop has a relatively long life cycle, and therefore, a new alternative breeding method is necessary to expedate breeding program. The purpose of this study was to find out DNA marker technologies that can be used to map the genome of jatropha, and later can be used to label the important agronomic characters of this plant. DNA markers tested in this study included Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Target Region Amplification Polymorphism (TRAP), and Sequence Related Amplification Polymorphism (SRAP). Studies were initiated by finding the best method for isolating jatropha genomic DNA. Initial studies to obtain molecular markers applicable for this crop resulted in a total of 43 polymorphic RAPD bands that can be used for DNA fingerprinting studies as well as be useful for genetic mapping purposes. However, the number of markers available was extremely lower than the minimum target of at least 250 polymorphic markers necessary for a minimum coverage of the jatropha genome. The remaining markers can be obtained from other marker methods such as AFLP, TRAP, and SRAP and based on this study the latter types of markers demonstrated more polymorphism level than that of RAPD.
Jarak pagar merupakan tanaman penghasil minyak nabati yang dapat digunakan sebagai pencampur atau pengganti bahan bakar minyak berbasis fosil. Siklus hidup tanaman ini relatif panjang sehingga diperlukan terobosan teknologi baru untuk mempercepat program pemuliaannya. Tujuan dari penelitian ini untuk mempelajari aplikasi teknologi marka DNA yang dapat digunakan untuk memetakan genom jarak pagar yang nantinya dapat digunakan untuk melabel karakter agronomi penting tanaman ini. Marka DNA yang diuji pada penelitian ini termasuk Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Target Region Amplification Polymorphism (TRAP), dan Sequence Related Amplification Polymorphism (SRAP). Penelitian diawali dengan upaya pencarian metode isolasi DNA yang tepat untuk jarak pagar. Hasil penelitian awal dalam mencari marka DNA yang cocok untuk tanaman ini telah menghasilkan 43 pita RAPD polimorfik yang selain dapat digunakan sebagai sidik jari DNA juga dapat dimanfaatkan untuk membuat peta genetik. Namun jumlah marka yang diperoleh masih jauh dari target minimal yaitu 250 marka DNA polimorfik untuk kegiatan pemetaan genetik. Kekurangan jumlah marka dapat dilengkapi dengan marka-marka lain dari metode AFLP, TRAP, dan SRAP yang sejauh ini terlihat lebih polimorfik dari RAPD.
Jarak pagar merupakan tanaman penghasil minyak nabati yang dapat digunakan sebagai pencampur atau pengganti bahan bakar minyak berbasis fosil. Siklus hidup tanaman ini relatif panjang sehingga diperlukan terobosan teknologi baru untuk mempercepat program pemuliaannya. Tujuan dari penelitian ini untuk mempelajari aplikasi teknologi marka DNA yang dapat digunakan untuk memetakan genom jarak pagar yang nantinya dapat digunakan untuk melabel karakter agronomi penting tanaman ini. Marka DNA yang diuji pada penelitian ini termasuk Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), Target Region Amplification Polymorphism (TRAP), dan Sequence Related Amplification Polymorphism (SRAP). Penelitian diawali dengan upaya pencarian metode isolasi DNA yang tepat untuk jarak pagar. Hasil penelitian awal dalam mencari marka DNA yang cocok untuk tanaman ini telah menghasilkan 43 pita RAPD polimorfik yang selain dapat digunakan sebagai sidik jari DNA juga dapat dimanfaatkan untuk membuat peta genetik. Namun jumlah marka yang diperoleh masih jauh dari target minimal yaitu 250 marka DNA polimorfik untuk kegiatan pemetaan genetik. Kekurangan jumlah marka dapat dilengkapi dengan marka-marka lain dari metode AFLP, TRAP, dan SRAP yang sejauh ini terlihat lebih polimorfik dari RAPD.
Keywords
DNA marker; genetic mapping; Jatropha curcas; genome, Marka DNA; analisis genetik; jarak pagar; genom