Browsing by Author "Tria Wulan"

Now showing 1 - 1 of 1
  • No Thumbnail Available
    Item
    Keragaman Genetik Bakteri Xanthomonas Oryzae Pv. Oryzae Dari Beberapa Daerah di Indonesia Dengan REP-PCR
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, 2018-12-01) Fatimah; Tria Wulan; Mahrup; Ambarwati, Laksmi
    Abstrak Bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae merupakan bakteri penyebab penyakit hawar daun pada padi. Sebanyak 27 isolat Xoo yang berasal dari beberapa daerah di Indonesia, dianalisis keragaman genetiknya menggunakan teknik Rep-PCR (Repetitive PCR). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui keragaman genetik bakteri Xanthomonas oryzae dengan menggunakan metode Repetitive PCR berupa primer BOXA1R dan ERIC serta primer (GTG)5 . Hasil penelitian menunjukkan bahwa polimorfisme yang tinggi dihasilkan dari primer ERIC 93,75%. Keragaman genetik berdasarkan primer BOXA1R, terbentuk 5 klaster dengan koefisien kesamaan 0,86, pada primer (GTG)5 membentuk 4 klaster dengan koefisien kesamaan 0,87, dan pada primer ERIC membentuk 6 klaster pada koefisen kesamaan 0,80. Gabungan dari ketiga primer tersebut membentuk 3 klaster pada koefisien kesamaan 0,75. Dengan menggunakan analisis komponen utama, primer BOXA1R dan (GTG)5 menghasilkan 5 klaster dan primer ERIC menghasilkan 6 klaster. Abstract Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) causes bacterial leaf blight (BLB) of rice. Twenty seven Xoo from several regions in Indonesia were analyzed their genetic diversity by using Rep-PCR (Repetitive PCR). The aim of this analysis is to determine the genetic diversity of Xoo isolates with Rep-PCR method using BOXA1R, ERIC and (GTG)5 primers. High polymorphism resulted from ERIC primer 93,75%. The genetic diversity based on those primers formed 3 clusters with similarity coefficient of 0,75. Whereas using principal component analysis, primer BOXA1R and (GTG)5 formed 5 clusters and ERIC formed 6 clusters.