Browsing by Author "Tasma ...[at al], I Made"

Now showing 1 - 3 of 3
  • No Thumbnail Available
    Item
    Characterization of Genomic Variation on Three Indonesian Oil Palm Genotypes Analyzed Using Next-Generation Sequencing HiSeq
    (Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, 2022-01-19) Tasma ...[at al], I Made; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian
    Abstract. Oil palm is an important estate crop and Indonesia is the largest palm oil producer in the world. Since the average yield is relatively low, a more efficient breeding program that utilizes the latest technological developments in DNA analysis is necessary. The objectives of this study were to (1) characterize genomic variations of three Indonesian oil palm genotypes based on whole genome sequencing using next-generation sequencing (NGS) HiSeq; (2) provide genomic data resources for future oil palm breeding program. Whole genome sequencing was performed on three Indonesian oil palm genotypes (Dura, Pisifera, and Elaeis oleifera from Brazil). Sequence data were aligned with that of the Eg5 genome reference sequences. The average sequence coverage depth for all loci was 34 and more than 95% of the genome was sequenced at least ten times. Comparison of the sequences revealed 3,735,311 sequence changes, an average of one sequence change per 197 bases. Among these changes, 3,371,088 were SNPs and 364,233 were insertions and deletions (indels). DNA variations found within exons total 329,087. Of these, 214,068 SNPs variations were capable of causing modification in the amino acid composition of the encoded proteins (nonsynonymous mutations). A genomic database was constructed to manage DNA variations resulted from this study. The SNPs collected from this study should be useful for constructing high density oil palm SNP chip to expedite future national oil palm breeding program.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Pembentukan Pustaka Genom, Resekuensing, dan Identifikasi SNP Berdasarkan Sekuen Genom Total Genotipe Kedelai Indonesia
    (BB Biogen, 2015-04) Tasma ...[at al], I Made; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian
    Rekuensing genom total kedelai memfasilitasi penemuan marka single nucleotide polymorphism (SNP), insersi, dan delesi. Tujuan penelitian ini adalah mengonstruksi pustaka genom, meresekuen genom total, dan mengidentifikasi SNP genom genotipe kedelai Indonesia. Penelitian terdiri atas konstruksi dan analisis kualitas pustaka genom, resekuensing genom total menggunakan next generation sequencing (NGS), dan identifikasi SNP dengan penjajaran (alignment) data resekuen dengan sekuen rujukan varietas Williams 82. Materi genetik yang digunakan, yaitu lima genotipe kedelai Indonesia (Tambora, Grobogan, B3293, Malabar, dan Davros). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pustaka genom total yang berhasil dikonstruksi berukuran 400 bp dengan konsentrasi berkisar antara 21,2–64,5 ng/μl. Resekuensing pustaka genom ini menghasilkan data sekuen sebanyak 50,1 x 109 bp. Kualitas pustaka genom dan sekuen yang dihasilkan sangat tinggi dengan nilai Q score 88,6% dan tingkat kesalahan pembacaan basa yang rendah (0,97%). Semua fitur menunjukkan kualitas pustaka dan sekuen pada penelitian ini termasuk kategori ideal. Analisis bioinformatika menghasilkan variasi SNP sebanyak 2.597.286, variasi insersi sebanyak 257.598 dan variasi delesi 202.157. Dari total SNP yang diidentifikasi hanya 95.207 SNP (2,15%) berada di ekson (pengode mRNA). Dari jumlah SNP yang ada di ekson, 49.892 SNP menyebabkan missense mutation (mutasi DNA yang mengubah susunan asam amino) dan 1.497 SNP menyebabkan nonsense mutation (mutasi DNA yang menghasilkan stop kodon). Setelah diverifikasi, SNP hasil penelitian ini dapat digunakan untuk mendesain chip SNP genom total kedelai untuk mendukung program percepatan pemuliaan kedelai.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Sekuensing Genom Untuk Karakterisasi Sumber Daya Genetik Tanaman
    (IAARD Press, 2018-11) Tasma ...[at al], I Made; Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian