Browsing by Author "Pamungkas, Joko"

Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    Item
    Deteksi Virus Pada Level Family Menggunakan Protokol Predict
    (Balai Besar Veteriner Maros, 2015) Muflihanah; Fitrahadiyani; Said, Sitti Hartati; Poermadjaja, Bagoes; Wibawa, Hendra; Andhesfas, Ernes; Hartaningsih, Nining; Pamungkas, Joko; Saepuloh, Uus; Idris, Syafrison; Ramlan
    Dalam upaya respon cepat dan identifikasi penyakit menular baru yang bisa meniadi ancaman bagi kesehatan manusia maka diperlukan suatu protokol. PREDICT merupakan bagian program Emerging Pandemic Threats (EPD melakukan penelitian yang berfokus pada satwa liar yang paling mungkin membawa penyakit zoonosis. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mendeteksi secara dini emerging and re-emerging diseases yang disebabkan oleh virus melalui beberapa target family dan genus pada unggas serta mamalia serta mempelajari kemungkinan adanya interface penularan penyakit dari safwa liar ke temak. Lima belas sampel unggas dan tiga puluh delapan sampel mamalia koleksi Balai Besar Veteriner Maros dideteksi terhadap family Orthomlncovirus (virus Influenza A), Paramixovirus, Coronavirus, Herpesvirus dan Picornavirus (Encephalomyocarditis virus) dengan menggunakan teknik PCR dilanjutkan sekuensing berdasarkan protokol PREDICT. Hasil menunjukkan swab itik Kab.Pinrang (MU9) positif terhadap family orthomlncovirzs virus Influenza A. Deteksi Paramycoviras menunjukkan semua sampel unggas negatif. Sampel mamalia negatif terhadap strain Human Coronavirus dan Bat Coronovirus. Swab hidung babi dari Jayapura Papua (MM5) dan Kab. Maros (MMl3), darah kambing dari Takalar (MM 27) positif terhadap Herpesvirus. Deteksi Picornavirus spesifik Encephalomyocarditis virus ditemukan positif pada swab babi dari Kab.Maros (MM14) dan Kota Manado Sulawesi Utara (MM l8) serta swab sapi Bali dari Bombana Sulawesi Tenggara (MM 22). Hasil sekuensing menunjukkan darah kambing dari Kab.Takalar Sulawesi Selatan memiliki kesamaaan genetik 98-99% dengan virus Caprine herpesvirus tipe 2. Swab nasal babi dari Maros Sulawesi Selatan, Manado Sulawesi Utara serta swab nasal sapi dari Bombana Sulawesi Tenggara didapatkan kesamaan genetik 97% dengan Encephalomyocarditis virus isolat Sing-M105-02. Swab itik dari Pinrang Sulawesi Selatan didapatkan kesamaan genetik 94-98 % Influenza A Virus isolatA/duck/victoria/0305-2/2012 (H5N3 ). Terdeteksinya partial gene penyakit emerging dan re-emerging virus pada sampel ternak yaitu virus Caprine Herpesvirus 2 pada kambing akan mengakibatkan implikasi klinis penyakit Malignant Catarrhal Fever (MCF). Virus Encephalomyocarditis yang ditemukan pada babi dan sapi mengakibatkan implikasi peradangan jantung dan gangguan reproduksi pada babi
  • No Thumbnail Available
    Item
    Penggunaan Konsensus Primer PCR Protokol Predict dalam Mengkonfirmasi Keberadaan Bovine Herpesvirus 1 (BoHV-1) pada Sapi Aceh di BPTU – HPT Indrapuri
    (2018) Prayitno, Lilik; Pamungkas, Joko; Saepuloh, Uus; Mayasari, Ni Luh Putu Ika; Rahayu, Mamik; Gantiah
    Bovine Herpesvirus 1 (BoHV-1) merupakan anggota subkeluarga Alphaherpesvirinae dalam keluarga Herpesviridae, berperan sebagai agen penyebab terjadinya Infectious Bovine Rhinotracheitis (IBR). Penyakit IBR menyebabkan kerugian ekonomi pada industri peternakan sapi. Infeksi virus pada ternak sapi sangat berkaitan erat dengan beberapa kejadian secara klinis seperti rhinotracheitis, balanoposthitis, vulvovaginitis, abortus, penurunan produksi susu, infertilitas, dan penurunan bobot kelahiran. Penyakit IBR merupakan salah satu penyakit hewan yang penting di Indonesia dan masuk dalam penyakit hewan menular strategis nasional serta merupakan penyakit yang harus bebas pada pusat perbibitan di Indonesia. Tujuan penelitian ini adalah menguatkan dan pembuktian uji sebelumnya yaitu deteksi antibodi BoHV-1 dengan metode Enzyme Linked Immunosorbant Assay (ELISA) dan identifikasi molekuler BoHV-1 dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) pada target gen glikoprotein B (gB), mengindikasikan kemungkinan adanya BoHV-1 pada sapi Aceh di BPTUHPT Indrapuri. Pengujian pada penelitian ini dilakukan dengan menggunakan konsensus primer PCR dengan target amplifikasi gen DNA Terminase. Deteksi antibodi terhadap BoHV-1 dengan menggunakan ELISA dilakukan pada tiga periode waktu yang berbeda, hasil ELISA berturut-turut menunjukkan seropositif yang tinggi yaitu (517/537) 96.28%, (633/681) 92.95%, dan (668/734) 91.01%, dengan kondisi hasil seropositif pada status hewan nonvaksinasi mengindikasikan telah terjadi infeksi virus BoHV-1 secara alamiah. Pada periode waktu ke tiga juga dilakukan pengambilan sampel usapan hidung sebanyak 375 untuk identifikasi molekuler menggunakan PCR, hasil amplifikasi gen gB semua sampel didapatkan hasil negatif. Kemudian 210 dari 375 hasil ekstraksi DNA digunakan untuk identifikasi molekuler dengan menggunakan konsensus primer PCR dengan target amplifikasi gen DNA Terminase. Empat dari 210 menunjukkan hasil positif PCR dilanjutkan dengan sekuensing. Hasil sekuen sampel yang didapat menunjukkan kemiripan identitas 99–100% terhadap sekuen referensi BoHV-1 dan BoHV-6. Hasil penelitian ini memberikan informasi ilmiah adanya BoHV-1 yang telah beredar di BPTU-HPT Indrapuri.