Browsing by Author "Fatimah"

Now showing 1 - 2 of 2
  • No Thumbnail Available
    Item
    Seleksi Biotipe Wereng Batang Coklat (Nilaparvata Lugens Stål)
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB PADI), 2017) Chaerani; Fatimah; Damayanti, Diani; Dadang, Ahmad; Sutrisno; Bahagiawati; Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB PADI)
    Wereng batang coklat (WBC) memiliki variasi virulensi yang dikenal sebagai ‘biotipe’. Biotipe WBC murni bermanfaat untuk pengujian ketahanan calon varietas atau galur padi isogenik, dan studi genetik virulensi WBC. Akan tetapi, biotipe WBC yang ada sudah terkontaminasi. Penelitian ini bertujuan membuat biotipe WBC dengan jalan menyeleksi virulensi pada varietas diferensial yang sesuai berdasarkan berat ekskreta embun madu. Tiga sampai empat tahap seleksi virulensi pada varietas Mudgo (mengandung gen ketahanan Bph1) atau ASD7 (bph2), mendapatkan biotipe 1, 2, 3, dan 4 tentatif(t). Konfirmasi virulensi biotipe 1 (t) menggunakan teknik skrining massal dan uji preferensi inang menunjukkan bahwa biotipe1 murni belum diperoleh karena selain TN1 (tidak mengandung gen Bph), varietas Mudgo dan ASD7 ternyata juga diserang dan jumlah nimfa yang menginfestasi ketiga varietas tidak berbeda nyata. Seleksi lanjutan pada varietas penyeleksi yang sesuai akan dilakukan hingga diperoleh biotipe murni.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Variasi Alel Baru Untuk Gen Ketahanan Penyakit Hawar Daun Bakteri, Xa7 Pada Plasma Nutfah Padi Lokal Indonesia, Parekaligolara
    (Balai Besar Penelitian Tanaman Padi, 2010-11-18) Utami, Dwinita W.; Septiningsih, Endang M.; Kadir, Triny S.; Fatimah; S. Yuriyah
    Abstract The New Allele Variation of Bacterial Blight Resistance Gene, Xa7, on Indonesian Local Rice Germplasm, Parekaligolara. The abundance of genetic variation existing in germplasm collections is the foundation for variety improvement in plant breeding program. Nevertheless, studies on the Indonesian genetic diversity of rice germplasm using molecular markers are still limited. Recent advances in utilizing simple sequence repeat (SSR) in QTL mapping and the availability of the whole rice genome sequences have provided wealth of data to accelerate research on genetic diversity of rice germplasm. Based on these advance technologies, a researcher has been done to discover some novel alleles at important gene loci that can be used for rice improvement. This approach is called allele mining. On this study the target gene is the resistance gene for bacterial leaf blight pathogen, Xa7. This study was started by identifying the genetic diversity of 96 accessions of the Indonesian local rice germplasm. Next, the Xa7 allele mining was done by designing SNP (single nucleotide polymorphism) primers based on the DNA sequence around the gene target. The significant LD mapping was then detected by the association mapping between phenotype and SNP genotyping data of the selected germplasm having superior performance on BLB resistance and representing one cluster of the genetic diversity analysis results. The results showed that Xa7 allele variation were found in Parekaligolara (Indica, 15141) and Gajahmada (Indica, 15141), which were resistant to BLB races IV and VIII on generative stage and field condition. The significant Xa7-SNP8 and Xa7-SNP11 markers were associated with the LD map position of Xa7 gene on 28,05-28,1 Mb of chromosome 6 in rice genome. The insertion-deletion allele variation was found in the 300 total nucleotide PCR product of co-segregation marker RM20589 in local rice Parekaligolara (Indica, 15141). This variation was different to Xa7 allele variation in the isogenic lines of Xa7 gene, IRBB7. Therefore, this is the novel of Xa7 allele variation from Indonesian local rice. Abstrak Keragaman variasi genetik yang terpelihara dalam koleksi plasma nutfah adalah modal dasar dalam program pemuliaan tanaman. Namun demikian penelitian tentang keragaman genetik plasma nutfah padi berbasis pada aplikasi marka molekuler masing terbatas. Perkembangan teknologi genomik, yang meliputi: pemetaan QTL (Quantitative Trait Loci), penemuan gene (gene discovery), dan tersedianya sekuens genom secara lengkap telah memungkinkan untuk mencari alel-alel yang berguna dalam koleksi plasma nutfah padi untuk perbaikan varietas melalui strategi yang disebut dengan allele mining. Dalam penelitian ini teknologi allele mining diaplikasikan untuk identifikasi gen ketahanan terhadap penyakit Hawar Daun Bakteri (HDB), Xa7 sebagai gen target. Penelitian ini diawali dengan identifikasi keragaman genetik 96 aksesi plasma nutfah padi lokal Indonesia. Kemudian dilanjutkan dengan mendesain marka SNP (single nucleotide polymorphism) berdasarkan sekuens DNA disekitar gen target. Fragmen LD map yang signifikan diperoleh dengan uji gabungan antara fenotipe dengan data SNP genotyping. Hasil penelitian menunjukkan bahwa variasi alel Xa7 terdapat pada plasma nutfah Parekaligolara (Indica, 15141) and Gajahmada (Indica, 1514 yang bersifat tahan terhadap HDB ras IV and VIII pada stadia gelasratif dan pengujian di lapangan. Marka molekuler Xa7-SNP8 dan Xa7-SNP11 menandai LD map pada posisi 28,05-28,1 Mb dari kromosom 6 dalam genom padi. Hasil analisis sekuens total 300 basa nukleotida menunjukkan adanya variasi insersi-delesi. Sedangkan analisis PCR menggunakan marka yang bersegregasi bersama dengan sifat ketahanan, yaitu marka RM20589 bersifat polimorfis antara plasma nutfah Parekaligolara (Indica, 15141) dengan galur isogenik Xa7, IRBB7. Variasi ini mengindikasikan bahwa variasi alel Xa7 pada plasma nutfah padi lokal Parekaligolara (Indica, 15141) merupakan variasi alel baru untuk gen Xa7.