Browsing by Author "Famia, Zaza"

Now showing 1 - 8 of 8
  • No Thumbnail Available
    Item
    Deteksi Deoxyribonucleic Acid (DNA) Virus Infectious Bovine Rhinotracheitis (IBR) dengan Teknik Realtime Polymerase Chain Reaction (PCR) pada Sampel Semen Sapi dan Embrio Tahun 2019
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Famia, Zaza; Lestari; Nurbintara, Muhammad Ridwan; Wibawa, Hendra; Pramastuti, Ira; Yuanita, Vika; Mulyawan, Herdiyanto; Poermadjaja, Bagoes; Direktorat Kesehatan Hewan
    Penyakit Infectious Bovine Rhinotracheitis (IBR) disebabkan oleh infeksi virus bovine herpes virus 1 (BHV-1). Virus ini masuk dalam famili Herpesviridae yang memiliki untai dasar double stranded deoxyribonucleic acid (DNA) dan memiliki glikoprotein utama (glikoprotein B (gB), gC dan gD). Tujuan penelitian ini untuk mendeteksi DNA virus IBR pada sampel semen sapi dan embrio sapi sebagai upaya pengamanan dan pengendalian penyakit hewan di Unit Pelaksana Teknis (UPT) Perbibitan sehingga dapat diperoleh benih dan bibit ternak yang berkualitas dan bebas dari penyakit IBR. Jenis sampel terdiri dari 256 sampel semen dari UPT BIB Singosari, dan BIBD Pakem Kabupaten Sleman, dan 37 sampel embrio dari BET Cipelang Kabupaten Bogor hasil surveilans aktif tahun 2019. Pengujian dilakukan dengan teknik realtime polymerase chain reaction (PCR) menggunakan gen glikoprotein B (gB). Teknik ini lebih cepat dan mudah sehingga akan mampu mendeteksi keberadaan virus IBR yang bersifat laten secara dini. Hasil uji realtime PCR IBR pada 256 sampel semen dan 37 embrio diperoleh 5 sampel semen (1,95%) positif IBR, sedangkan sampel embrio semua hasil negatif IBR. Kesimpulan yang didapat bahwa sampel semen terdeteksi BHV-1 dengan teknik realtime PCR IBR dan sampel embrio tidak terdeteksi BHV-1. Saran yang bisa diberikan yaitu UPT Perbibitan hendaknya melakukan pemeriksaan rutin dilakukan untuk sampel semen dan embrio untuk memonitoring dan mencegah penularan penyakit IBR dan sapiā€“sapi yang ada di UPT Perbibitan hendaknya dihindarkan dari faktor-faktor yang menyebabkan latensi.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Identifikasi dan Karakterisasi Genetik Virus Low Pathogenic Avian Influenza (LPAI) Subtipe H7N1 dan H10N2 pada Itik dengan Teknik Next Generation Sequencing (NGS)
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Lestari; Wibawa, Hendra; Lubis, Elly Puspasari; Rahayu, Rina Astuti; Pramastuti, Ira; Famia, Zaza; Yuanita, Vika; Mulyawan, Herdiyanto; Poermadjaja, Bagoes; Direktorat Kesehatan Hewan
    Virus avian influenza (AI) dikategorikan menjadi beberapa subtipe berdasarkan determinan antigen yang terdapat pada protein permukaan hemagglutinin (HA) dan neuraminidase (NA) yang dimilikinya. Itik termasuk salah satu unggas air yang merupakan reservoir alami virus AI. Semua subtipe virus AI pernah diisolasi dari unggas air tersebut. Namun, penelitian tentang subtipe selain H5N1 dan H9N2 pada itik di Indonesia belum banyak dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan mengarakterisasi secara genetik subtipe virus avian influenza yang diisolasi dari itik yang terdeteksi positif influenza tipe A namun negatif subtipe H5N1 dan H9N2. Materi yang digunakan dalam penelitian ini adalah sampel/isolat virus AI asal unggas itik yang telah terdeteksi positif virus influenza tipe A (positif gen matrik) dan negatif subtipe H5 dan H9 dengan pengujian realtime RT-PCR. Multi-segmen konvensional RT-PCR digunakan untuk mengamplifikasi genom virus AI kemudian dilanjutkan sequensing genom utuh virus dengan teknik Next Generation Sequencing (NGS). Analisis hasil sequensing dilakukan dengan software CLC Genomic Workbench. Analisis genetik dan filogenetik menggunakan konstruksi neighbor-joining tree dengan nilai replikasi bootstrap sebanyak 1000 kali menggunakan software Mega v7. Berdasarkan analisis molekuler menunjukkan bahwa gen HA dan NA virus-virus dalam penelitian ini termasuk dalam subtipe H7N1 dan H10N2. Karakterisasi genetik menunjukkan bahwa semua virus memiliki residu asam amino single basic pada HA cleavage site yang mengindikasikan low pathogenic avian influenza (LPAI). Analisis gen internal PB2 menunjukkan bahwa semua virus tidak memiliki substitusi asam amino E pada posisi 627 menjadi K (E237K) mengindikasikan tingkat virulensi yang rendah pada mamalia. Analisis terhadap resistensi obat-obatan antiviral pada gen NA menunjukkan asam-asam amino E119 dan H275 serta pada gen M2 menunjukkan asam-asam amino L26, V27 dan S31 mengindikasikan bahwa virus-virus tersebut sensitif terhadap obat-obatan antiviral. Desain primer-primer baru dalam pengujian PCR untuk mendeteksi virus AI subtype selain H5NI dan H9N2 perlu dikembangkan dan karakterisasi genetik rutin sebaiknya terus dilakukan guna mendeteksi dini semua subtype virus-virus avian influenza yang bersirkulasi di lapangan.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Kewaspadaan dalam Penggunaan Fetal Bovine Serum Komersial yang Terkontaminasi Bovine Viral Diarrhea sebagai Suplemen Media Kultur Sel pada Pengujian Isolasi Pestivirus
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Irianingsih, Sri Handayani; Sari, Desi Puspita; Darul, Muhammad Afdhal; Famia, Zaza; Direktorat Kesehatan Hewan
    Ketersediaan fetal bovine serum (FBS) komersial sebagai suplemen media kultur sel di Indonesia saat ini masih bergantung pada importasi. Persyaratan bebas virus Bovine Viral Diarrhea (BVD) untuk pengujian isolasi virus BVD dan Classical Swine Fever (CSF) yang tergolong dalam Pestivirus harus dipenuhi sesuai dengan protokol pengujian. Evaluasi terhadap FBS komersial ini bertujuan untuk memberikan penilaian kesesuaian FBS sebagai suplemen media kultur sel berdasarkan adanya antibodi dan kontaminasi antigen dan/atau virus BVD. Sebanyak 9 batch FBS yang berasal dari 2 penyedia telah diuji ELISA antibodi dan antigen BVD, realtime RT-PCR virus BVD, dan multiplex nested PCR genotyping BVD, sedangkan 2 batch FBS diuji terhadap pertumbuhan virus BVD menggunakan kultur sel Madin Darby Bovine Kidney (MDBK). Hasil pengujian menunjukkan 9 batch FBS negatif antibodi BVD, 4 batch FBS positif antigen BVD, 9 batch FBS terkontaminasi virus BVD, dan 8 batch FBS diidentifikasi genotipe BVDV-1. Kultur sel MDBK yang dilakukan pertumbuhan sel hingga 3 kali pasase menggunakan 2 batch FBS sebagai suplemen media kultur sel menunjukkan positif virus BVD biotipe noncytopathic. Berdasarkan hasil pengujian disimpulkan bahwa sediaan FBS komersial telah terkontaminasi virus BVD dan terindikasi sebagai virus aktif, sehingga perlu lebih waspada dan selektif dalam menentukan FBS sebagai suplemen media kultur sel pada pengujian diagnostik, isolasi virus, dan analisis sekuensing virus BVD dan CSF yang termasuk dalam Genus Pestivirus.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Optimalisasi Penerapan Prinsip Kesejahteraan Hewan (Animal Welfare) pada Hewan Coba di BBVET Wates untuk Mendukung Diagnosis Laboratorium
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2018) Untari, Heni Dwi; Suryanto, Basuki Rochmad; Famia, Zaza; Suprihatin
    Hewan percobaan atau hewan coba merupakan hewan laboratorium, yang dipelihara khusus untuk tujuan percobaan dan lain sebagainya. Kesejahteraan hewan (animal welfare) adalah hewan yang memiliki keadaan fisiologis dan psikologi yang sesuai untuk menunjang kualitas hidupnya. Kesejahteraan hewan menjadi suatu hal yang sangat penting dan prinsip dalam manajemen pemeliharaan hewan mencakup hewan coba maupun peternakan rakyat pada umumnya. Prinsip kesejahteraan hewan mewajibkan semua hewan yang dipelihara atau hidup bebas di alam memiliki hak-hak/kebebasan, meliputi bebas dari rasa haus/lapar, bebas dari rasa ketidaknyamanan, bebas dari rasa sakit/cedera, bebas untuk mengekspresikan perilaku alamiah, dan bebas dari rasa takut dan tertekan. Penelitian ini dengan melakukan pengamatan dari tahun 2015, 2016 dan 2017 tentang pemeliharaan hewan coba seperti, ayam petelur, mencit, marmut, kelinci, domba dan sapi di instalasi kandang hewan percobaan (IKHP) BBVet Wates. Pemeliharaan dengan memperhatikan prinsip animal welfare, pemeriksaan hewan yang intensif, adanya masukan dari kunjungan pre assessment kesmavet pusat dan perbaikan fasilitas IKHP adalah hasil dari optimalisasi penerapan kesejahteraan hewan. Penerapan kesejahteraan hewan di IKHP BBVet Wates telah mengalami perubahan yang lebih baik secara nyata dalam menerapkan prinsip kesejahteraan hewan, dengan adanya dokumentasi dan data hasil pemeriksaan laboratorium yang baik, sehingga mampu memberikan benefit bagi hewan coba dengan semakin layak dan meningkat mutu produknya yang dimanfaatkan untuk diagnosis laboratorium. Membentuk tim komisi etik kesejahteraan hewan dan membuat SOP menjadi salah satu solusi dalam optimalisasi penerapan kesejahteraan hewan coba di laboratorium maupun peternakan rakyat sebagai sampel hewan coba di lapangan.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Peneguhan Diagnosa dengan Teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dan Sekuensing DNA terhadap Temuan Patologi Inclusion Body Hepatitis (IBH) pada Kasus Kematian Broiler di Kabupaten Kulon Progo, Yogyakarta
    (2019) Famia, Zaza; Pratamasari, Dewi; Wibawa, Hendra; Sulistyorini, Dwi; Poermadjaja, Bagoes
    Penyakit Inclusion Body Hepatitis (IBH) disebabkan oleh infeksi Fowl adenovirus (FAdVs). Virus ini masuk dalam kelompok Avian Adenovirus I (AAV-I) yang memiliki 12 serotype (1-11) dan 5 spesies group (A-E). Telah dilaporkan kasus kematian di atas 10% di salah satu peternakan unggas ayam pedaging (brioler) di Kecamatan Galur, Kabupaten Kulon Progo, Yogyakarta pada bulan April Tahun 2018. FAdVs diduga sebagai salah satu agen penyakit yang menyebabkan kasus kematian pada broiler disertai perubahan anatomi jaringan terutama pembesaran hati dan ciri patologis inclusion body hepatitis (IBH) sehingga sering disebut sebagai virus IBH. Dugaan ini berdasarkan keterangan peternak, pengamatan gejala klinis dan penilaian pola kematian oleh dokter hewan dinas, serta hasil pemeriksaan patologi anotomi dan histopatologi di Laboratorium Patologi, BBVet Wates. Namun, data dan hasil pengamatan/pemeriksaan ini perlu dikonļ¬ rmasi dengan pengujian yang lebih mendekati ketepatan diagnosa, salah satunya dengan uji biologi molekuler polymerase chain reaction (PCR). Teknik PCR dengan menggunakan primer-primer spesiļ¬ k yang digunakan untuk deteksi gen penyandi antigen permukaan (Hexon) dari FAdVs. Sampel yang diuji berasal dari kiriman petugas Pos Kesehatan Hewan (Poskeswan) Galur dari Dinas Pertanian dan Pangan Kabupaten Kulon Progo. Sampel yang dikirim berupa organ/jaringan dari ayam broiler yang menderita sakit atau baru saja mati, antara lain organ: hati, proventriculus, gizzard, ginjal, dan usus yang diambil dari kasus kematian unggas broiler di Desa Banaran, Kecamatan Galur. Hasil pengujian PCR dari organ-organ tersebut menunjukkan produk ampliļ¬ kasi dari primer-primer Hexon yaitu pita/band DNA spesiļ¬ k dengan panjang kurang lebih 897-bp. Produk PCR berhasil disekuensing dan hasil blast analysis menunjukkan positif FAdV Group E Serotipe 8b. Hasil ini meneguhkan pemeriksaan sebelumnya yang telah mendiskripsikan perubahan anatomi dan histologi (patologi dan histopatologi) organ hati yang mencirikan penyakit IBH.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Proporsi Subtipe dan Clade Virus Avian Influenza dari Hasil Surveilans Berbasis Risiko pada Pasar Unggas Hidup di Kota Surabaya, Tahun 2019
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Sari, Desi Puspita; Wibawa, Hendra; Famia, Zaza; I., Sri Handayani; Direktorat Kesehatan Hewan
    Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk memberikan gambaran tentang proporsi temuan subtipe dan clade virus AI dari hasil surveilans berbasis risiko pada pasar hidup di Kota Surabaya Tahun 2019. Pada tahun 2019 kegiatan surveilans AI di Pasar Unggas Hidup telah dilaksanakan di Kota Surabaya dengan target jumlah pasar yang disurvei berdasarkan perhitungan simple risk-based sampling menggunakan EpiTools (https://epitools.ausvet.com.au/). Pengambilan sampel swab lingkungan dilakukan sebanyak 2 kali dalam 1 tahun yaitu pada bulan Mei dan Bulan Agustus. Masing-masing sebuah swab lingkungan yang diambil dari setiap pasar unggas hidup berupa swab meja dagang, keranjang, keranjang sampah, meja pemrosesan, pisau/ telenan, kain basah dan mesin pencabut bulu (total 6 swabs) kemudian dipool dalam 1 media transport virus. Sampel selanjutnya akan diuji dan deteksi ada tidaknya virus Influenza Type A, Subtype H5, Subtype H9, Subtype H7, N1, N6, N8 menggunakan teknik realtime reverse transcription PCR (qRT-PCR) di Laboratorium Bioteknologi dan teknik isolasi virus pada telur ayam bertunas di Laboratorium Virologi Balai Besar Veteriner Wates. Sampel swab lingkungan yang diperoleh pada bulan Mei sebanyak 45 pool dan 42 pool pada bulan Agustus. Pada bulan Mei diperoleh hasil bahwa virus AI yang banyak ditemukan di lingkungan pasar unggas hidup di kota Surabaya adalah virus AI subtipe H5 clade 2.1.3 sebanyak 70%, sedangkan pada bulan Agustus banyak ditemukan virus AI subtipe H5 clade 2.3.2 sebanyak 100%. Kejadian AI di lingkungan pasar unggas hidup pada bulan Agustus lebih tinggi dibandingkan bulan Mei, dengan terdeteksinya Influenza type A sebanyak 76% pada bulan Agustus dan 42% pada bulan Mei.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Reasorsi Genetik Virus Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 yang diisolasi dari Itik pada Program Surveilans Avian Influenza Tahun 2017
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2020) Lestari; Pramastuti, Ira; Wibawa, Hendra; Famia, Zaza; Yuanita, Vika; Mulyawan, Herdiyanto; Direktorat Kesehatan Hewan
    Virus highly pathogenic avian influenza (HPAI) subtipe H5N1 berdampak serius pada sektor perunggasan di Indonesia sejak tahun 2003. Virus ini memiliki kemampuan berubah secara cepat melalui mekanisme mutasi (mutation) dan persilangan/reasorsi (reassortment) untuk kelangsungan hidup di dalam tubuh hospesnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakter dan persilangan genetik virus HPAI subtipe H5N1 yang diisolasi dari itik. Sampel dikoleksi dari hasil uji PCR positif terhadap virus influenza tipe A yang berasal dari program surveilans avian influenza (AI) pada itik di wilayah kerja Balai Besar Veteriner (BBVet) Wates tahun 2017. Sampel-sampel yang terdeteksi positif subtipe H5 dari uji realtime reverse transcription PCR (qRT-PCR), dilanjutkan sequensing keseluruhan genom virus dengan teknik Next Generation Sequencing (NGS). Hasil sequencing diā€™BLASTā€™ ke dalam virus referensi yang ada di dalam database GenBank, kemudian disusun dan diekstrak secara whole genome didalam software CLC Genomic Workbench. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan menggunakan software Mega v7 untuk melihat ada tidaknya reasorsi genetik antar segmen virus (AI). Berdasarkan analisis molekuler pada gen hemagglutinin menunjukkan bahwa virus-virus dalam penelitian ini termasuk kategori HPAI dan memiliki kecenderungan untuk mengikat reseptor dari avian (avian binding receptor). Analisis filogenetik gen HA, NA dan hampir semua gen internal (PB2, PB1, PA, NP, dan NS) menunjukkan bahwa virus-virus yang diteliti termasuk dalam kelompok H5N1 clade 2.3.2.1c. Tetapi, terdapat salah satu virus dengan gen internal M (matrix) berasal dari virus H5N1 clade 2.1.3.2, sedangkan segmen gen yang lain masuk kelompok H5N1 clade 2.3.2.1c. Hal ini menunjukkan telah terjadi reasorsi genetik antara virus H5N1 clade 2.3.2.1c dan clade 2.1.3.2. Surveilans dan karakterisasi avian influenza secara rutin sebaiknya terus dilakukan untuk memonitor dinamika dan keanekaragaman virus yang beredar guna mendukung pengendalian penyakit avian influenza di Indonesia.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Studi Kasus-Kontrol pada Rumah Tangga Miskin Penerima Ayam Program Bedah Kemiskinan Rakyat Sejahtera (#Bekerja) di Kabupaten Banyumas dan Kabupaten Purbalingga Tahun 2018
    (Direktorat Kesehatan Hewan, 2019) Pratamasari, Dewi; Wibawa, Hendra; Fatiyah, Eni; Shantiningsih, Melia Dwi; Susanta, Dwi Hari; Farhani, Nur Rohmi; Susilaningrum, TH. Siwi; Famia, Zaza; Kumorowati, Enggar; Delviana, Rizky Meityas; Kesumaningrum, Nining; Prayitno, Gugus Eka; Poermadjaja, Bagoes
    Dalam kegiatan #BEKERJA telah dilaporkan beberapa kasus kematian ayam dalam waktu 1-2 bulan setelah ayam diterima Rumah Tangga Miskin (RTM). Namun, jumlah kematian yang dilaporkan belum jelas penyebab dan faktor-faktor risikonya. Oleh karena itu, BBVet Wates melakukan monitoring menggunakan pendekatan studi kasus-kontrol (case-control study) di Kabupaten Banyumas dan Kabupaten Purbalingga, dengan tujuan: a) mengetahui proporsi kematian ayam dengan atau tanpa disertai tanda klinis penyakit, b) mengetahui gambaran pemeliharaan ayam, c) mengetahui faktor-faktor risiko yang berperan terhadap terjadinya kasus penyakit unggas. RTM digunakan sebagai unit epidemiogi, sedangkan kasus dideļ¬ nisikan sebagai kematian ayam lebih dari 20% (>10 dari 50 ekor) pada RTM dan menunjukkan salah satu atau lebih dari tanda klinis penyakit (dijelaskan dalam tulisan). Hasil studi menunjukkan penyusutan ayam #Bekerja disebabkan kematian dan faktor lain (penjualan dan pemotongan ayam oleh RTM). Proporsi kematian ayam yang disertai tanda klinis penyakit mencapai 29.1% di Kabupaten Banyumas dan 27.6% di Kabupaten Purbalingga. Sebagian besar RTM berpendidikan SD/sederajat, tetapi sudah > 5 tahun berpengalaman memelihara ayam sehingga sebagian besar memiliki pengetahuan dasar beternak ayam. Kepala RTM umumnya yang memelihara langsung ayam sehari-hari, dan hanya sebagian kecil dikerjakan orang lain. Sebagian besar RTM menggunakan tipe kandang panggung dan memiliki penerangan di malam hari, tetapi jarang menggunakan alas kandang. Faktor risiko tertinggi terhadap terjadinya penyakit adalah kunjungan RTM ke RTM lain yang tengah atau sebelumnya terjadi kasus (OR=10.48, 95%CI=2.88-53.37, p<0.05). Hal ini dikuatkan dengan hasil analisa kuantitatif keluar-masuk pemilik/RTM ayam ke dalam kandang yang juga tinggi (OR=4.63, 95%CI=1.20-23.85, p<0.05). Ada kemungkinan bahwa pemilik/RTM yang bersangkutan menjadi agen penular terhadap ayamnya sendiri. Bimbingan teknis cara beternak ayam yang baik, peningkatan pengetahuan dan kesadaran tentang risiko penularan penyakit dan bimtek biosekuriti harian kepada RTM perlu ditingkatkan sehingga kasus penyakit dapat ditekan dan ayam akan menghasilkan output dan manfaat lebih kepada RTM.