EFFECTIVITY AND EFFICIENCY OF DNA ISOLATION AND PURIFICATION TECHNIQUE ON CASHEW PLANT
No Thumbnail Available
Date
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan
Abstract
Description
Cashew well known as a potential industrial plant to be expanded due to of kernel price and cashew can also be used as conservation plant. As a potential plant, so needed information more detail including the molecular information. There are many techniques to conduct DNA isolation depend on kind of plants or plant tissue that will be used. The experiment had been conducted at Molecular Biology Laboratory of Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development (BB BIOGEN), Bogor on May-July 2011. Young leaf of cashew used as genetic materials which is took from experimental station Cikampek, Indonesian Spice and Industrial Crops Research Institute (BALITTRI). While some chemicals were used as the other material. The activities following step: DNA extraction and purification, measurement of DNA concentration and amplification of DNA. Deletion of resistor enzyme-polysacharide, especially for perennial plant. DNA isolation can be done by breaking down of cell wall, cell membrane and nuclear membrane. The aim of this experiment was to find the effectivity and efficiency technique of DNA isolation and purification so can be reducing cost and time consuming while working in the laboratory. The results shows that conscientiousness of DNA isolation and purification denotes an important step to obtain clean and contaminant free of DNA, so banding pattern will be clear. In this technique did not used polypinilpolypirolidone (PVPP) and mercapto-ethanol such as antioxidant, liquid nitrogen, neither over night storage of leaf extraction before used for purification which is often used for perennial plant. In addional, the results shows that band pattern of DNA was very thick and clear, therefore, this techni que can be used for DNA isolation on cashew.
Jambu mete merupakan salah tanaman industri potensial untuk dikembangkan karena selain sebagai penghasil utama kacang mete yang harganya relatif mahal, juga dapat digunakan sebagai tanaman konservasi. Sebagai tanaman yang potensial, maka sangat diperlukan informasi lengkap termasuk informasi molekuler. Berbagai teknik dapat dilakukan untuk mengisolasi Deoxyribonucleic acid (DNA) tergantung dari jenis tanaman atau jaringan tanaman yang digunakan. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen), Bogor pada bulan Mei-Juli 2011. Materi genetik yang digunakan adalah contoh daun muda tanaman jambu mete yang diambil dari Kebun Percobaan (KP) Cikampek, Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Aneka Tanaman Industri (BALITTRI). Sedangkan bahan lain adalah paket bahan kimia yang digunakan dalam kegiatan isolasi DNA pada umumnya. Kegiatan meliputi beberapa tahapan: ekstraksi dan purifikasi DNA, pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA serta amplifikasi DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan teknik isolasi DNA berkualitas tinggi dari daun jambu mete, tetapi dengan teknik yang lebih sederhana, biaya lebih murah serta waktu yang relatif singkat. Hasil menunjukkan bahwa kuantitas DNA yang banyak dan kualitas DNA yang tinggi dapat dihasilkan pada sampel tanaman jambu mete dengan cara memodifikasi teknik ekstraksi DNA berbasis Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) serta penambahan antioksidan polivinilpolipirolidon (PVPP) dan mercaptoethanol, namun tanpa penggunaan nitrogen cair. Penyimpanan ekstrak daun setelah digerus tidak perlu lagi disimpan semalaman, sehingga waktu dapat dipersingkat. Pola pita yang dihasilkan juga sangat tebal dan jelas. Dengan demikian, teknik ekstraksi ini cukup menghemat waktu dan biaya. Selanjutnya untuk isolasi DNA tanaman tahunan lain yang mempunyai kemiripan dengan jambu mete atau yang mempunyai kandungan phenol tinggi, disarankan untuk mengikuti protokol seperti yang dilakukan pada jambu mete.
Jambu mete merupakan salah tanaman industri potensial untuk dikembangkan karena selain sebagai penghasil utama kacang mete yang harganya relatif mahal, juga dapat digunakan sebagai tanaman konservasi. Sebagai tanaman yang potensial, maka sangat diperlukan informasi lengkap termasuk informasi molekuler. Berbagai teknik dapat dilakukan untuk mengisolasi Deoxyribonucleic acid (DNA) tergantung dari jenis tanaman atau jaringan tanaman yang digunakan. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen), Bogor pada bulan Mei-Juli 2011. Materi genetik yang digunakan adalah contoh daun muda tanaman jambu mete yang diambil dari Kebun Percobaan (KP) Cikampek, Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Aneka Tanaman Industri (BALITTRI). Sedangkan bahan lain adalah paket bahan kimia yang digunakan dalam kegiatan isolasi DNA pada umumnya. Kegiatan meliputi beberapa tahapan: ekstraksi dan purifikasi DNA, pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA serta amplifikasi DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan teknik isolasi DNA berkualitas tinggi dari daun jambu mete, tetapi dengan teknik yang lebih sederhana, biaya lebih murah serta waktu yang relatif singkat. Hasil menunjukkan bahwa kuantitas DNA yang banyak dan kualitas DNA yang tinggi dapat dihasilkan pada sampel tanaman jambu mete dengan cara memodifikasi teknik ekstraksi DNA berbasis Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide (CTAB) serta penambahan antioksidan polivinilpolipirolidon (PVPP) dan mercaptoethanol, namun tanpa penggunaan nitrogen cair. Penyimpanan ekstrak daun setelah digerus tidak perlu lagi disimpan semalaman, sehingga waktu dapat dipersingkat. Pola pita yang dihasilkan juga sangat tebal dan jelas. Dengan demikian, teknik ekstraksi ini cukup menghemat waktu dan biaya. Selanjutnya untuk isolasi DNA tanaman tahunan lain yang mempunyai kemiripan dengan jambu mete atau yang mempunyai kandungan phenol tinggi, disarankan untuk mengikuti protokol seperti yang dilakukan pada jambu mete.
Keywords
Anacardium occidantale L.; effectivity; efficiency; isolation; purification; DNA., , Anacardium occidantale L.; efektivitas; efisiensi; isolasi; purifikasi; DNA