Variasi Nukleotida Pada Padi Japonica Berdasarkan Phosphoserine Phosphatase Dan Osmad20 Untuk Pengembangan Marka Molekuler
No Thumbnail Available
Date
2017
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB Padi)
Abstract
Phosphoserine phosphatase (PSP) merupakan protein yang terlibat dalam pathway fosforilasi dalam biosintesis serin yang mengontrol polen dan sterilitas. OsMADS20 diduga terlibat dalam pembungaan, pemasakan biji dan aspek perkembangan/ pertumbuhan tanaman padi. Studi lebih lanjut diperlukan terhadap gen-gen pada posisi QTL untuk mutu rasa dan pembungaan terutama PSP dan OsMADS pada padi japonica. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisis variasi genetik varietas padi japonica berdasarkan PSP dan family gen OsMADS20 box, dan verifikasi marka molekuler hasil pengembangannya. Total 22 varietas padi japonica diamplifikasi menggunakan primer STS pada sekuen parsial PSP dan OsMADS20, sekuennya disejajarkan dengan kultivar
rujukan dan dikembangkan marka molekulernya berdasarkan varian terpilih. Sejumlah SNP dan indel diidentifikasi lebih banyak pada OsMADS20 daripada PSP. SNP G/A di 110 bp pada PSP dan indel 7 bp (AAATTTT) pada OsMADS20 menunjukkan variasi pada varietas padi japonica dan didesain primernya yaitu CAPS-PP2/MseI dan indel-MAD masing-masing untuk PSP dan OsMADAS20. Analisis filogeni menunjukkan bahwa tanpa mempertimbangkan negara asal, 2 klaster utama dibentuk yang terdiri dari 17 (klaster I) dan 5 varietas (klaster II). Varietas pada klaster II dicirikan dengan alel “A” pada situs 110 bp di PSP. Hasil filogenetik ini juga membuktikan bahwa alel spesifik yang hanya ditemukan pada varietas tertentu berpengaruh terhadap jarak genetik yang berimplikasi pada kedekatan antara varietas padi japonica. Secara umum variasi genetik dan marka molekuler yang dikembangkan untuk gen PSP dan OsMADS20 akan bermanfaat sebagai informasi dasar program pemuliaan padi tidak hanya japonica namun juga subspesies lainnya dan penting untuk evaluasi plasma nutfah padi.
Description
12 hlm.; 3 gambar; tabel
Keywords
MARKA MOLEKULER, PHOSPHOSERINE PHOSPHATASE, OSMADS20, VARIASI NUKLEOTIDA