Optimasi Suhu Annealing pada PCR dan Kesesuaian Random Primer untuk Analisis RAPD Tanaman Karet
No Thumbnail Available
Date
1997-11
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Perhimpunan Bioteknologi Pertanian Indonesia
Abstract
Suhu annealing merupakan salah satu faktor kritis dalam menentukan keberhasilan reaksi amplifikasi DNA menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Oleh karena itu, sebelum digunakan untuk analisis DNA pada tanaman tertentu, perlu dilakukan pengujian terhadap suatu annealing tersebut. Di samping itu, random primer yang sesuai yang menghasilkan pola pita DNA polimorfik pada elektroforesis gel harus dltentukan sebelum digunakan untuk analisis molekuler yang didasarkan pada teknik RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Tujuan penelitian ini adalah untuk menentukan suhu annealing optimum PCR dan memilih random primer yang sesuai untuk analisis RAPD tanaman karet (Hevea brasiliensis). DNA diisolasi dari daun muda klon PR 261, RRIC 101, GT 1, BPM 24, AVROS 2037, RRIM 600, dan LCB 1320, yang dipilih secara acak. Suhu annealing adalah 35, 36, 37, 38, 39, dan 45C. Selanjutnya 20 macam random primer 10 mer yang mempunyai sekuen basa berbeda telah diuji. Hasil penelitian menunjukkan bahwa suhu annealing 36-39C menghasilkan DNA terbaik, sedangkan primer OPC 05, OPC 09, OPC 13, OPC 14, OPC 16 serta OPC 20 menghasilkan pola pita DNA yang polimorfik pada beberapa klon tanaman karet. Primer-primer tersebut merupakan primer yang berpotensi untuk digunakan dalam analisis RAPD tanaman karet.
Description
Keywords
Suhu annealing, PCR, analisis RAPD, tanaman karet.