Isolasi Motif SSR Dari Pustaka Genom Durian (Durio Zibethinus Murr. Var. Matahari)
No Thumbnail Available
Files
Date
2012-12
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
IAARD Press
Abstract
Simple sequence repeat telah diisolasi dan dikarakterisasi dari pustaka genom durian (Durio zibethinus Murr. var. Matahari) berdasarkan metode pengayaan yang telah dimodifikasi. Sebanyak 366 motif mikrosatelit telah ditemukan dari 286 DNA insert, yang terdiri atas 137 mononukleotida, 21 dinukleotida, 71 trinukleotida, dan 137 tetranukleotida. Sebanyak 5 motif, yaitu An/Tn, Gn/Cn, ACn, AGn, dan TAGn sesuai dengan motif oligonukleotida pengayaan. Motif sekuens pendek (7-10 nt) mendominasi motif yang ditemukan dengan jumlah sebanyak 328 (89,6%) lokus. Sekuens yang
lebih panjang berukuran 11 sampai 89 nt diperoleh sebanyak 38 (10,4%) lokus. Dua ratus empat puluh dua motif dikelompokkan dalam tipe sempurna, 140 tidak sempurna, dan 2 campuran. Motif yang paling banyak ditemukan adalah (C)7 sebanyak 75 lokus, diikuti oleh (CTTT)2CT, (CGCT)2CG, (AG)(AAAG)2, (TGC)3, (A)7, (G)7, dan (A)8 masing-masing sebanyak 46, 36, 28, 16, 11, dan 5 lokus, sisanya bervariasi dari 1 sampai 8 lokus. Kegiatan selanjutnya adalah seleksi motif dan merancang primer spesifik agar dapat digunakan sebagai marka fungsional.
Description
Keywords
SSR, pustaka genom, durian.