Analisis Genetik Gen Fusion Isolat Newcastle Disease Virus yang Berasal dari Berbagai Wilayah Indonesia
No Thumbnail Available
Date
2019
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Direktorat Kesehatan Hewan
Abstract
Newcastle disease adalah salah satu penyakit unggas terpenting di dunia perunggasan. Penyakit ini disebabkan oleh avian paramyxovirus type 1 (APMV-1). Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis genetik Newcastle diseases virus (NDV) yang berasal dari beberapa isolat di Indonesia. Data yang dihasilkan dapat sebagai acuan gambaran situasi virus ND di Indonesia saat ini. Isolat sampel berasal dari berbagai host yaitu ayam buras, ayam layer, ayam broiler dan dari lingkungan pasar tradisional. Sebanyak 9 sampel isolat yang berasal dari berbagai daerah di Indonesia dilakukan sekuensing pada gen fusion. Assembly sekuens digunakan perangkat lunak Unipro UGENE versi 1.30.0. Analisis data sekuens digunakan perangkat lunak MEGA 6.06 meliputi multiple alignment, deductive amino acids prediction dan phylogenic tree analysis. Analisis patogenesitas didapatkan 8 isolat tergolong ke dalam velogenic ND dengan susunan asam amino penyusun cleavage site 112R-R-Q-K-R-F117. Satu sampel isolat NDV teridentiļ¬ kasi sebagai lentogenic ND yang disusun oleh asam amino 112G-K-Q-G-R-L117. Deduced amino acids sequences pada gen fusion didapatkan 5 titik asparagine-linked glycosylation sites dan 12 cysteine residues pada isolate NDV penelitian. Titik epitop utama ditemukan relatif conserve kecuali pada beberapa isolate terjadi perubahan asam amino di K78R dan D170N. Analisis phylogenetic tree menunjukkan 8 sampel tergolong pada genotip VII (subgenotip VIIf, VIIg dan VIIh) dan 1 isolat tergolong pada genotip I.
Description
Keywords
Gen fusion, Newcastle disease virus, Analisis phylogenetic