Keragaman Genetik Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) Populasi Nigeria Berdasarkan Analisis Marka SSR (Simple Sequence Repeats)
No Thumbnail Available
Date
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan
Abstract
Description
Sempitnya sumber genetik kelapa sawit yang tersedia di Indonesia menyebabkan keterbatasan dalam pengembangan program pemuliaan. Salah satu cara untuk memperluas sumber genetik adalah menggunakan populasi introduksi. Hasil eksplorasi dan pemuliaan populasi Nigeria menunjukkan beberapa keunggulan dalam karakter komersial kelapa sawit. Tujuan dari studi ini adalah untuk seleksi primer SSR yang polimorfik, mencari primer SSR yang memiliki alel spesifik untuk Pisifera dan mengevaluasi keragaman genetik intrapopulasi Nigeria DP-E. Seratus lima primer SSR digunakan untuk skrining primer dan 25 marka SSR terpilih untuk digunakan dalam tahap evaluasi keragaman genetik. Segregasi marka yang diperoleh dari hasil seleksi 105 marka SSR cukup tinggi (91,4% polimorfik). Primer mEgCIR0037 dan mEgCIR3382 merupakan primer yang paling informatif dari hasil seleksi. Marka dengan alel spesifik Pisifera dapat digunakan untuk tujuan eksplorasi marka yang berasosiasi dengan karakter warna buah. Pada hasil studi ini, 25 marka SSR mampu memperlihatkan keragaman genetik dan struktur populasi DP-E. Analisis jarak genetik dengan pengelompokan UPGMA menghasilkan dua kelompok besar dengan koefisien kemiripan 56% dan tiga subgrup progeni pada koefisien kemiripan 63%. Estimasi struktur populasi dengan program STRUCTURE menunjukkan adanya rekombinasi yang tinggi pada individu progeni. Jumlah individu rekombinan yang tinggi menguntungkan dalam pemilihan individu untuk seleksi pada program pemuliaan selanjutnya. Kata kunci : Kelapa sawit, keragaman genetik, populasi Nigeria, SSR, virescens, warna buah.ABSTRACTGenetic Diversity of Oil Palm Originated from Nigeria based on SSR (Simple Sequence Repeats) markersThe narrow genetic base of Indonesian oil palm collections limited the progress of breeding programs. A way to broaden the genetic source was to introduce other breeding populations. The exploration and breeding programs of Nigerian oil palms showed several commercial valued characters. The aims of this study were to screen polymorphic SSR primers, to identify SSR primers that amplified Pisifera’s specific bands and to evaluate the genetic diversity of Nigerian population DP-E. 105 SSR markers were used in primer screening and 25 markers were selected for genotyping. The marker segregation obtained from 105 SSR markers in this study was relatively high (91.4% polymorphic). Primer mEgCIR0037 dan mEgCIR3382 were the most informative primers based on the selection. Markers with specific alleles for Pisifera could be used to find markers that associated with fruit color trait. In this study, 25 SSR markers could reveal the genetic diversity and population structure of DP-E population. Genetic analysis with UPGMA clustering system generated two clusters with 56% similarity coefficient and three sub-clusters of progenies DP-E with 63% similarity coefficient. Estimation of population structure using STRUCTURE software showed high recombination numbers in progenies. The high recombination numbers in progenies would be an advantage in providing genetic materials to be selected for further breeding programs.