Genetic Relationships of Yellow Berry and Red Berry Cultivars of Arabica Coffee Based on SSR Markers
No Thumbnail Available
Date
2015-11-30
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan
Abstract
Description
Yellow berry of Arabica coffee (AGK-1) cultivated in Garut is a local cultivar that potentially could be released as a superior variety. However, its genetic background has not been studied. Information of genetic background is one of the requirement in releasing of a new variety. The objective of this research was to analyze the genetic relationships of AGK-1 cultivar with 11 red berries Arabica coffee cultivars based on simple sequence repeats (SSR) markers to find polymorphisms and clustering. The research was carried out at the Molecular Laboratory of Indonesian Industrial and Beverage Crops Research Institute and Biology Molecular Laboratory of Indonesian Center for Agricultural Biotechnology and Genetic Resources Research and Development, from January to March 2015. These twelve Arabica coffee cultivars were obtained from Garut Regency. A total of 12 SSR primers were used to investigate the genetic relationships of the plant. The result showed that 12 SSR markers were adequate to identify the relationships among 12 Arabica coffee cultivars. The genetic clustering obtained in this study is related to plant morphology, particularly plant growth characters, such as tall, semi dwarf and dwarf. AGK-1 cultivar genetically related to ABP-2, one of red berries cultivars that originated from Brazil. Both of these cultivars have the same growing type characters (i.e. semi dwarf). AGK-1 cultivar that has yellow berry color presumably derived from an open pollinated red berries parents, mainly ABP-2 cultivar. Therefore, AGK-1 is a unique cultivar that could be released as a local superior variety.
Kopi Arabika berbuah kuning (AGK-1) merupakan kultivar lokal yang berpeluang untuk dilepas sebagai varietas unggul. Namun, asal-usul genetiknya (genetic background) belum jelas. Padahal, karakter itu merupakan salah satu syarat dalam pelepasan varietas. Penelitian bertujuan menganalisis kekerabatan genetik kultivar AGK-1 dengan 11 kultivar kopi Arabika berbuah merah berdasarkan marka simple sequence repeats (SSR). Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Molekuler Balai Penelitian Tanaman Industri dan Penyegar (Balittri) Sukabumi, dan Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Bogor, mulai Maret sampai Juni 2015. Kedua belas kultivar kopi Arabika yang digunakan berasal dari Kabupaten Garut. Sebanyak 12 primer SSR digunakan untuk menelusuri kekerabatan genetik kultivar kopi Arabika. Kekerabatan genetik dianalisis menggunakan marka SSR untuk melihat polimorfisme dan clustering. Hasil penelitian menunjukkan kedua belas marka SSR yang digunakan mampu mengidentifikasi kekerabatan 12 kultivar kopi Arabika ke dalam tiga kelompok (pada nilai ambang 66%). Pengelompokan secara genetik berkaitan dengan morfologi tanaman, terutama karakter pertumbuhan, yaitu tinggi, semi katai, dan katai. Kultivar AGK-1 secara genetik berkerabat dekat dengan salah satu kultivar berbuah merah, yaitu ABP-2 yang berasal dari Brasil dan keduanya mempunyai tipe pertumbuhan semi katai. Kultivar AGK-1 berbuah kuning diduga merupakan hasil persarian bebas dari tetua berbuah merah, terutama kultivar ABP-2. Dengan demikian, kopi Arabika berbuah kuning AGK-1 merupakan kultivar yang unik dan berpeluang untuk dilepas sebagai varietas unggul lokal. Kata kunci: Coffea arabica, kekerabatan genetik, marka SSR
Kopi Arabika berbuah kuning (AGK-1) merupakan kultivar lokal yang berpeluang untuk dilepas sebagai varietas unggul. Namun, asal-usul genetiknya (genetic background) belum jelas. Padahal, karakter itu merupakan salah satu syarat dalam pelepasan varietas. Penelitian bertujuan menganalisis kekerabatan genetik kultivar AGK-1 dengan 11 kultivar kopi Arabika berbuah merah berdasarkan marka simple sequence repeats (SSR). Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Molekuler Balai Penelitian Tanaman Industri dan Penyegar (Balittri) Sukabumi, dan Laboratorium Biologi Molekuler Balai Besar Litbang Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian Bogor, mulai Maret sampai Juni 2015. Kedua belas kultivar kopi Arabika yang digunakan berasal dari Kabupaten Garut. Sebanyak 12 primer SSR digunakan untuk menelusuri kekerabatan genetik kultivar kopi Arabika. Kekerabatan genetik dianalisis menggunakan marka SSR untuk melihat polimorfisme dan clustering. Hasil penelitian menunjukkan kedua belas marka SSR yang digunakan mampu mengidentifikasi kekerabatan 12 kultivar kopi Arabika ke dalam tiga kelompok (pada nilai ambang 66%). Pengelompokan secara genetik berkaitan dengan morfologi tanaman, terutama karakter pertumbuhan, yaitu tinggi, semi katai, dan katai. Kultivar AGK-1 secara genetik berkerabat dekat dengan salah satu kultivar berbuah merah, yaitu ABP-2 yang berasal dari Brasil dan keduanya mempunyai tipe pertumbuhan semi katai. Kultivar AGK-1 berbuah kuning diduga merupakan hasil persarian bebas dari tetua berbuah merah, terutama kultivar ABP-2. Dengan demikian, kopi Arabika berbuah kuning AGK-1 merupakan kultivar yang unik dan berpeluang untuk dilepas sebagai varietas unggul lokal. Kata kunci: Coffea arabica, kekerabatan genetik, marka SSR