Deteksi dan Identifikasi Chrysanthemum Stunt Viroid pada Tanaman Krisan Menggunakan Teknik Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (Detection and Identification of Chrysanthemum Stunt Viroid on Chrysanthemum Using Reverse Transcriptase Polymerase
No Thumbnail Available
Date
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Indonesian Center for Horticulture Research and Development
Abstract
Description
Chrysanthemum stunt viroid (CSVd) merupakan salah satu viroid yang menginfeksi tanaman krisan di Indonesia. Tujuan penelitian ialah untuk mengembangkan metode deteksi CSVd secara molekuler dan mengkarakterisasi CSVd isolat Indonesia. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Virologi Tumbuhan, Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor, dan Rumah Kaca serta Laboratorium Virologi, Balai Penelitian Tanaman Hias, Segunung, Cianjur, Jawa Barat, dari Bulan Mei 2007 sampai dengan Juni 2008. RNA total diekstraksi dari daun tanaman krisan yang dihasilkan di rumah kaca menggunakan rneasy plant mini kits. Genom CSVd diamplifikasi dengan pasangan primer 5’-CAACTGAAGCTTCAACGCCTT-3’ dan 5’-AGGATTACTCCT- GTCTCGCA-3’. Suatu fragmen dengan ukuran 250 bp mengindikasikan bahwa c-DNA CSVd berhasil diamplifikasi dari tanaman krisan sakit menggunakan teknik RT-PCR. Urutan cDNA dari salah satu CSVd isolat Indonesia berhasil ditemukan dengan urutan sebagai berikut: cttaggattactcctgtctcgcaggagtggggtcctaagcctcattcga ttgcgcg aatctcgtcgtgcacttcctccagggatttccccgggggataccctgtaag- gaacttcttcgcctcatttcttttaagcagcagggttcaggagtgcaccacaggaaccacaagtaagtcccgagggaacaaaactaaggttccacgggcttactccctagcccaggtag- gctaaagaagattggaa. Urutan basa-basa tersebut memiliki tingkat kesamaan yang tinggi dengan sekuen nukleotida isolat CSVd dari Jepang, Korea, India, dan Amerika.
Keywords
Chrysanthemum stunt viroid (CSVd); Reverse transcriptase polymerase chain reaction; Dendranthema grandiflora Kitam; DNA sequencing