Pembentukan Pustaka Genom, Resekuensing, dan Identifikasi SNP Berdasarkan Sekuen Genom Total Genotipe Kedelai Indonesia
No Thumbnail Available
Date
2015-04
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
BB Biogen
Abstract
Rekuensing genom total kedelai memfasilitasi penemuan marka single nucleotide polymorphism (SNP), insersi, dan delesi. Tujuan penelitian ini adalah mengonstruksi pustaka genom, meresekuen genom total, dan mengidentifikasi SNP genom genotipe kedelai Indonesia. Penelitian terdiri atas konstruksi dan analisis kualitas pustaka genom, resekuensing genom total menggunakan next generation sequencing (NGS), dan identifikasi SNP dengan penjajaran (alignment) data resekuen dengan sekuen rujukan varietas Williams 82. Materi genetik yang digunakan, yaitu lima genotipe kedelai Indonesia (Tambora, Grobogan, B3293, Malabar, dan Davros). Hasil penelitian menunjukkan bahwa pustaka genom total yang berhasil dikonstruksi berukuran 400 bp dengan konsentrasi berkisar antara 21,2–64,5 ng/μl. Resekuensing pustaka genom ini menghasilkan data sekuen sebanyak 50,1 x 109 bp. Kualitas pustaka genom dan sekuen yang dihasilkan sangat tinggi dengan nilai Q score 88,6% dan tingkat kesalahan pembacaan basa yang rendah (0,97%). Semua fitur menunjukkan kualitas pustaka dan sekuen pada penelitian ini termasuk kategori ideal. Analisis bioinformatika menghasilkan variasi SNP sebanyak 2.597.286, variasi insersi sebanyak 257.598 dan variasi delesi 202.157. Dari total SNP yang diidentifikasi hanya 95.207 SNP (2,15%) berada di ekson (pengode mRNA). Dari jumlah SNP yang ada di ekson, 49.892 SNP menyebabkan missense mutation (mutasi DNA yang mengubah susunan asam amino) dan 1.497 SNP menyebabkan nonsense mutation (mutasi DNA yang menghasilkan stop kodon). Setelah diverifikasi, SNP hasil penelitian ini dapat digunakan untuk mendesain chip SNP genom total kedelai untuk mendukung program percepatan pemuliaan kedelai.
Description
Keywords
Kedelai, pustaka genom, NGS, SNP, variasi genom.