GENETIC RELATIONSHIP OF CASHEW GERMPLASM BASED ON RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA

Abstract
Description
Cashew production in Indonesia still low (300-463 kg/ha/year) caused by genetic materials used for the cultivation were not superior variety, therefore, some effort to find superior variety with high production must be improved. To support those efforts needs wide variation of plant genetic resources. Nowdays, characteristic data of cashew germplasm in BALITTRI based on morphological characters, so needed molecular approach to get genetic characteristics, genetic relationship and specific characters such as high production marker, one of some techniques that we can use is RAPD marker. Additionally, RAPD marker is simple, efficient and accurate. The purpose of this study was to know the genetic variation and relationship among cashew germplasm based on band pattern of DNA by using RAPD technique. The experiment was conducted at Molecular Biology Laboratory of BB-Biogen, Bogor since May till November 2009. Genetic material used were MR 851, PK 36, GG1, Laode Kase, Laode Kapala, JT 27, Arsyad Labone, Wonogiri Merah, A x S, F x M, SM 9, C x M, F x A and BO2 by using 25 primers. The activity consisting germplasm collecting of cashew (14 accessions), followed laboratory activities such as: DNA extraction and purification, loading and running of PCR product, RAPD and data analysis. Results shows that 25 primers used are 16 primers shown DNA band pattern, one of them was monomorphism and one specific primer which shown DNA band pattern of cashew, i.e: BO2, SM9 and JT27. Germplasm collection of cashew has wide variation. At 70% coefficient, 14 accessions of cashew were divided to three groups where first group were content 11 individual (MR 851, PK 36, Laode Kase, GG1, Laode Kapala, A x S, F x A, C x M, Arsyad Labone, Wonogiri Merah, and F x M), while second group were content two individuals (BO2 and SM9). Moreover, in first group itself sh own wide variation among 11 accessions. 
Produksi jambu mete di Indonesia masih rendah (300-463 kg/ha/tahun) di antaranya disebabkan oleh penggunaan bahan tanaman tidak unggul. Pencarian sumber benih baru dengan tingkat produktivitas mutu tinggi memerlukan materi genetik dengan keragaman genetik luas. Salah satu cara untuk mengetahui keragaman genetik dan hubungan kekerabatan serta mendeteksi pohon induk yang mempunyai karakter spesifik seperti produksi tinggi adalah dengan menggunakan R APD . T ujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui tingkat kekerabatan dan keragaman genetik koleksi plasma nutfah jambu mete berdasarkan profil pita DNA menggunakan teknik RAPD. Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler BB-Biogen, Bogor mulai bulan Mei sampai November 2009. Materi genetik yang digunakan adalah: MR 851, PK 36, GG1, Laode Kase, Laode Kapala, JT 27, Arsyad Labone, Wonogiri merah, A x S, F x M, SM 9, C x M, F x A, dan BO2 dengan menggunakan 25 primer. Lingkup kegiatan meliputi pengumpulan koleksi plasma nutfah jambu mete (14 aksesi), dilanjutkan dengan kegiatan di Laboratorium dengan tahapan kegiatan seperti: Ekstraksi dan purifikasi DNA, loading dan running produk PCR analisis RAPD, dan analisis data. hasil penelitian menunjukkan dari 25 primer yang diuji, diperoleh 16 primer yang memberikan pita DNA, satu di antaranya monomorfisme. Ada satu primer spesifik yang menunjukkan pola pita khusus pada jambu mete yaitu pada BO2, SM9 dan JT27. Koleksi plasma nutfah tanaman jambu mete mempunyai keragaman genetik yang tinggi. Pada koefisien 70%, 14 aksesi jambu mete tersebut mengelompok menjadi tiga. Kelompok pertama terdiri dari 11 individu (MR 851, PK 36, Laode Kase, GG1, Laode Kapala, A x S, F x A, C x M, Arsyad Labone, Wonogiri Merah, dan F x M). Pada kelompok ini juga terlihat adanya variasi genetik di antara individu yang membentuk sub kelompok 11 individu. Kelompok kedua terdiri 2 individu (BO2 dan SM9), sedangkan kelompok ketiga 1 individu (JT 27). 
Keywords
Anacardium occidentale L.; variability; superior variety; hybrid; RAPD., , Anacardium occidentale L.; variabilitas; varietas unggul; hibrida; RAPD
Citation